1 февраля 2001 года Ельцин отмечал юбилей – 70-летие. Были разные проекты и предложения: собрать много гостей или, напротив, провести все скромно, в семейном кругу. Все российские газеты готовили статьи и очерки, в основном с положительными оценками общих итогов эпохи Ельцина. Но 30 января Борис Ельцин был доставлен в Центральную клиническую больницу с предварительным диагнозом «острая респираторная вирусная инфекция». Большого внимания врачей требовало и зрение первого президента: недавно ему провели операцию по удалению катаракты. Юбилей пришлось отмечать в больничной палате, куда допустили жену и дочь. Исключение было сделано и для Владимира и Людмилы Путиных, которые приехали с букетом цветов на несколько минут.

Борис Ельцин не стал российским Дэн Сяопином, как того хотели некоторые его приверженцы. Больше всего нареканий в адрес Владимира Путина высказывал Валентин Юмашев, который в 2001 году стал мужем Татьяны Дьяченко, поменявшей во второй раз фамилию. В то время как Ельцину оказывались немалые официальные почести, на когда-то всесильного Валентина Юмашева никто не обращал внимания даже среди некогда подчиненных ему работников новой президентской администрации.

Все более резкая критика в адрес Владимира Путина звучала и со стороны думской фракции СПС. Сергей Юшенков даже сделал специальное публичное заявление, что уже в начале 2002 года «"старая команда Ельцина" будет вытеснена из Кремля и Волошин, Касьянов и Чубайс должны будут покинуть свои кабинеты». Особенно много комментариев вызвали перемены в министерствах обороны и внутренних дел. Когда Владимир Путин назначил новых министров, многие политические обозреватели были уверены, что это вызовет возражения Бориса Ельцина. Но что мог возразить первый президент? Владимир Рушайло был перемещен на более высокий по статусу пост секретаря Совета безопасности. Маршал Игорь Сергеев уже достиг пенсионного возраста, и назначение его помощником президента выглядело в данном случае вполне логичным. Новый указ был все же подготовлен без участия Александра Волошина.

Во второй половине 2001 года и в 2002-м Путин и Ельцин встречались, но очень редко. Их отношения, конечно, не могла улучшить и отставка министра железнодорожного транспорта Николая Аксененко, которого обвинили в злоупотреблениях, и с которого на время следствия взяли подписку о невыезде. Аксененко был одним из фаворитов Ельцина, и в 1999-м году Ельцин даже думал о нем как о возможном преемнике. Но Ельцин и на этот раз промолчал.

Рост популярности Владимира Путина, о которой Ельцин не мог и мечтать, а также частые сравнения первого и второго президентов России в отечественных и западных СМИ не могли радовать Бориса Ельцина, но он старался не выказывать своих эмоций. Однако положение дел начало меняться летом и в начале осени 2003 года в связи с «делом Ходорковского».

И Михаил Касьянов, и Александр Волошин решительно возражали против ареста Ходорковского. Они давали этому олигарху какие-то заверения и искали поддержки у Ельцина. В сложившейся ситуации Борис Ельцин решил публично выразить свою «обеспокоенность» и сделал это в большом интервью газете «Московские новости» в октябре 2003 года. Но эта газета была теперь рупором Ходорковского, так как ЮКОС купил контрольный пакет ее акций в начале сентября 2003 года. Другие газеты это интервью не публиковали и не комментировали. Александр Волошин был вынужден подать в отставку. Владимир Путин эту отставку принял, хотя и назвал решение руководителя своей администрации ошибкой.