Вскоре появляется обстоятельная работа Н. А. Артлебена «Древности Суздальско-Владимирской области, сохранившиеся в памятниках зодчества в пределах Владимирской губернии» (Владимир, 1880), в которой дается обзор 11 памятников Владимиро-Суздальского княжества XII–XIII вв. На III Археологическом съезде, проходившем в Киеве в 1874 г., особое внимание уделяется памятникам Киевской земли. В издании «Христианских древностей» (СПб., 1875) под редакцией В. М. Прохорова, а затем в статьях протоиерея П. Лебединцева и П. А. Лошкарева рассмотрены все сохранившиеся древние архитектурные сооружения Киева и даже сделаны попытки дать некоторые обобщения. В архитектурных журналах всё чаще стали появляться статьи и информация об исследовании древних храмовых зданий.

Внимание к памятникам древнерусского зодчества определялось не одними только научными целями, но и практическими нуждами. Они заключались в необходимости реставрировать древние храмы, используемые по их прямому назначению. В 70–80-е гг. XIX в. это часто было связано и с попытками создания нового, современного национального стиля церковной русской архитектуры. Академические вопросы истории архитектуры приобрели актуальность и остроту еще и потому, что оказались тесно связанными с перипетиями идеологической борьбы славянофилов и западников. В конце столетия дискуссия о самобытности древнерусского зодчества несколько утихла, но непосредственная связь изучения архитектурных сооружений прошлого с нуждами современного строительства оставалась непоколебленной.

В 1895 г. Российская академия художеств начинает издавать серию книг «Памятники древнего русского зодчества» – плод исследований академика архитектуры В. В. Суслова. Здесь публикуются описания, чертежи, обмеры и изображения главным образом сооружений XVI–XVII вв., а храмовые здания домонгольской эпохи составляют очень незначительную часть. Как и прежде, в издание включаются только полностью сохранившиеся постройки и совершенно не учитываются памятники, открытые раскопками. Между тем уже ко 2-й половине XIX в. было осуществлено несколько достаточно серьезных археологических раскрытий остатков храмов домонгольского времени. Раскопки вели большей частью местные краеведы, но иногда работали и специалисты, в частности А. В. Прахов во Владимире-Волынском.

К концу XIX в. некоторые исследователи впервые поставили перед собой задачу не просто давать описание памятников или характеризовать различные архитектурные школы, а вырабатывать общий взгляд, по выражению В. В. Суслова, «на ход искусства, на его, так сказать, внутреннюю жизнь»[15]. Первым это попытался осуществить академик А. М. Павлинов в своем труде «История русской архитектуры» (М., 1894).

В этот период попытки объяснения особенностей памятников русской архитектуры привели некоторых ученых к созданию так называемой концепции заимствований, согласно которой русское храмовое зодчество (а в некоторых случаях и другие виды церковного искусства) рассматривалось как некий конгломерат заимствованных извне элементов. Такая точка зрения приводила к выводу о несамостоятельности и вторичности русской архитектуры. Одним из наиболее ярких приверженцев концепции заимствований был известный меценат и государственный деятель XIХ в. С. Г. Строганов.

Ответом на концепцию заимствований явилась теория самобытности русской архитектуры, наиболее полно сформулированная в трудах знаменитого русского археолога и историка, одного из создателей и первого руководителя Государственного исторического музея в Москве И. Е. Забелина, в частности в книге «Русское искусство. Черты самобытности в русском зодчестве» (М., 1900), оказавшейся наиболее содержательным и программным сочинением для науки о древнерусской архитектуре 2-й половины XIX в. Исследования И. Е. Забелина касались главным образом эпох Киевской Руси (Х – ХІІІ вв.) и становления Московского государства (XIV–XVII вв.). Само появление оценки русского храмового зодчества как исключительно самобытного архитектурного явления связано с именем директора Московского дворцового архитектурного училища, а впоследствии одного из энтузиастов-инициаторов появления в России первого архитектурного общества – Московского – М. Д. Быковским. Развивая взгляды М. Д. Быковского, И. Е. Забелин взял за основу своей концепции признание за народом самостоятельной роли в истории. Он видел большую роль традиций. Важным аргументом для доказательства самобытного характера древнерусской архитектуры И. Е. Забелин полагал тот факт, что формы каменной архитектуры Средневековой Руси являлись вторичными по отношению к деревянным. Он первым из исследователей усмотрел зависимость между формами зодчества и особенностями быта и общественного уклада, народной жизни, эстетических предпочтений и вкусов, а также природно-климатических и строительно-технических факторов, и это явилось новым словом в науке о русской архитектуре. Ускорение темпов развития историко-архитектурной науки сопровождалось ростом научного уровня исследований. К началу XX в. были проведены такие серьезные работы, как реставрация и восстановление первоначальных форм церкви Спаса Нередицы в Новгороде (XII в.).