Основной закон православной церкви был выработан, если не обстоятельно, то в основных вопросах, в IV и V веках, но небольшие изменения вносились на протяжении всей византийской истории. Решение использовать юлианский календарь, придуманный на закате Римской империи, начинать религиозный год одновременно с мирским 1 сентября и считать годы от предположительной даты сотворения мира, которое произошло за 5 тысяч лет до того, принималось церковью, а не императором. Также церковь отвечала за разделение территории на провинции, власть в которых передавалась митрополитам. Назначалось пять патриархов. Трое находились в древнейших городах империи: Риме, Антиохии и Александрии. Двое – в новых городах – Константинополе и Иерусалиме. Рим, как старейшая столица, имел превосходство над остальными. Константинополь, как новая столица, считался вторым, но в своем положении «нового Рима» часто выполнял обязанности, ранее возлагавшиеся на «старый» Рим, и к нему перешли привилегии и почести последнего.

Когда в VII веке Александрия и Антиохия были захвачены арабами и включены в состав мусульманской империи, эта потеря весьма содействовала возвеличиванию патриарха Константинопольского.

Его положение также было немало усилено в 732 году решением Льва III передать Южную Италию, Грецию и Иллирию из-под контроля Рима под контроль Константинополя. Эта перемена вызвала возмущение папы. Неприязнь между лидерами двух церквей росла в результате иконоборческих противоречий. Вражда достигла апогея в конце VIII столетия, когда Карл Великий воспользовался размолвкой и заставил папу короновать его императором Запада. Этот шаг очень разозлил императора Византии, поскольку не только наносил оскорбление его достоинству, но и бросал вызов претензиям православной церкви на то, чтобы ее признали верховной властью. Отношения между ними все ухудшались и были окончательно испорчены в 1054 году, когда взбешенный папский легат, кардинал Гумберт, бросил буллу об анафеме на серебряный алтарь собора Святой Софии и в гневе удалился. Мануил I (1143–1180) пытался, правда безуспешно, провести примирение, что привело к последней размолвке между православием на Востоке и католичеством. Эта рана по-прежнему остается неизлеченной.

В 1204 году, накануне латинской оккупации Константинополя, император захотел улучшить отношения с западным христианским миром попыткой объединения с Римской церковью. Этот шаг был встречен крайне враждебно патриархом Константинопольским, который пользовался поддержкой византийского духовенства и народа. Латинское завоевание столицы только разожгло злость православной церкви. Тем не менее император постарался все уладить на соборе, созванном во Флоренции в 1439 году, когда он пытался добиться военной помощи от западного мира для отражения, как никогда, серьезной угрозы нападения турок-османов. Хотя совет размышлял до 1443 года, помощи не последовало. Православная церковь до сих пор вменяет в вину Европе, что та не пожелала сразиться с исламом. В те времена это вызвало такое негодование по всей Византии, что, когда победивший султан посоветовал Геннадию (которого назначил патриархом завоеванного Константинополя) объединиться с Римской церковью, греческий прелат решительно отказался даже рассматривать такую возможность.

В византийские времена патриарх Константинопольский жил в роскоши. Он располагал жильем в соборе Святой Софии и в примыкающих зданиях, обладал личным дворцом. В его привычках было завтракать в одном из этих жилищ после утренней службы в соборе. Он часто принимал там императора. Кроме того, патриарх владел несколькими кабинетами и залами для заседаний, в которых вместе с собранием священников, известным как Священный синод, занимался делами церкви. Только епископы константинопольские имели право служить на нем, но когда церковные владения были поделены на провинции, названные митрополиями и управляемые митрополитами, а те – на епархии, порученные заботам епископов, и митрополиты, и автокефальные (то есть автономные) епископы призывались на такие собрания.