В 778 году Карл Великий возродил Аквитанское королевство, столицей которого стал Бордо.
В середине XII века в результате брака герцогини Элеоноры Аквитанской с графом Анжуйским, ставшим королем Англии – Генрихом II Плантагенетом, Бордо с Аквитанией перешел к Англии. Генрих II расширил город и дал ему большие привилегии, утвержденные в 1236 году английским королем Генрихом III. Город принадлежал англичанам триста лет. И именно в это время начался экспорт бордоских вин в Англию.
И только в 1453 году, после разгрома англичан в сражении у Кастильона, Столетняя война между Англией и Францией закончилась и город окончательно перешел к Франции. Это прекратило налаженные торговые связи Бордо с Англией, что не могло радовать жителей города. Поэтому французский король Карл VII построил два форта для контроля над городом и на случай вражеских нападений.
Дальше история Бордо проходила так же, как и история других мест: периодические восстания, нападения, эпидемии, свадьбы знатных сеньоров и прочие события.
В XVII веке бордоские вина стала в больших количествах покупать Голландия.
В XVIII веке вина таких районов, как Медок и Сотерн, стали выдерживать в дубовых бочках, а затем, по примеру голландцев, в бутылках.
Третий по счету период расцвета Бордо наступил в XVIII веке.
У Франции появились многочисленные заморские колонии, и Бордо стал тогда главным портом в королевстве.
Великая Французская революция положила конец благополучию Бордо. После того как восставшие взяли местную «Бастилию» – «Замок трубы», превращенной королевскими властями в тюрьму, власть в городе перешла в руки революционеров. В 1790 году Бордо стал столицей созданного департамента Жиронда. Депутаты от Жиронды – жирондисты и их единомышленники из других мест в 1792–1793 годах даже возглавляли французское правительство. Но уже в 1793 году из-за террора якобинцев Максимилиана Робеспьера они потеряли свое влияние и подверглись преследованиям, а многие были казнены в Париже. На следующий день после казни жирондистов (2 июня 1793 года) население Бордо восстало против этих действий Коммуны Парижа. Направленный из Парижа в Бордо в качестве комиссара Тальен подавил восстание, ввел чрезвычайный военный трибунал и отправил на гильотину 300 бордосцев.
Чуть позже, потерпев большие убытки из-за введенной императором Наполеоном I Бонапартом «континентальной блокады», запрещавшей торговать с Англией, Бордо одним из первых французских городов признал пришедших к власти после отречения Наполеона Бурбонов.
Во время Франко-прусской войны 1870–1871 годов Бордо на некоторое время стал столицей Франции: после поражения французской армии под Седаном (сентябрь 1870) и начавшейся прусской осады Парижа в Бордо бежало правительство Франции.
Благополучие города на протяжении веков было связано с продажей вина. И когда во второй половине XIX века вредитель филлоксера уничтожила 90 % виноградников Франции, это привело к краху Бордо. Однако это заставило город развиваться, и в конце века в Бордо появляются химические, металлургические, пищевые предприятия и маслозаводы.
Во время Первой мировой войны французское правительство опять переехало в Бордо. Благополучие города в эти годы было связано с военными заказами.
И во время Второй мировой войны город принял бежавшее из Парижа правительство. Поскольку это произошло уже в третий раз, Бордо получил прозвище «трагической столицы». 1 июля 1940 года Бордо был занят немецкими войсками. В период оккупации экономика Бордо вынужденно работала на Германию, а через его порт в Германию доставлялось необходимое ей сырье. Город, как весь французский юго-запад, был оплотом движения Сопротивления. 27 августа 1944 года части вермахта оставили Бордо, и союзники вошли в город.