Председательствующий не избирался из состава членов трибунала, а назначался приказом Дугласа Макартура. Для расследования дела и поддержания обвинения генерал назначил одного Главного обвинителя. Каждое из государств, входящих в Организацию Объединенных Наций, с которыми Япония была в состоянии войны, имело право назначить дополнительного обвинителя. Обязанности между дополнительными обвинителями распределял Главный обвинитель, и он же определял, по каким разделам Обвинительного акта должен поддерживать обвинение каждый дополнительный обвинитель.

Таким образом, Устав Токийского трибунала предусматривал не паритетность участников суда, а их зависимость от американского генерала, который назначил Главным обвинителем американского адвоката Джозефа Кинана, близкого к окружению Трумэна, и тем самым обеспечил влияние правительства США на всю подготовку процесса.

Председателем трибунала новый хозяин Японии назначил австралийского судью Уильяма Уэбба, человека профессионального, но находившегося под политическим влиянием англо-американского блока. Характерный момент. Один из защитников заметил, что трибунал должен следовать примеру Нюрнбергского процесса, но часто отступает от него. На что Уэбб четко сформулировал свою позицию: «Вы ошибаетесь, утверждая, что мы копируем Нюрнбергский процесс… Мы вовсе не копируем Нюрнберг, что мы, по-моему, и не должны делать».

Именно Устав от генерала Макартура стал правовой базой деятельности трибунала, определил порядок судебной процедуры, организацию обвинения и защиты.

Предполагалось, что Макартур, по подобию Нюрнберга, организует Токийский процесс на началах полного равноправия всех государств, подписавших Акт о капитуляции: США, СССР, Китайской Республики, Британии, Австралии, Канады, Франции, Нидерландов и Новой Зеландии. Однако на деле уже при утверждении Устава Макартур, пользуясь положением практически единственной оккупирующей Японию страны, внес в него, если сравнивать с Нюрнбергом, такие изменения, которые обеспечивали бы американским правящим кругам проведение реакционной политики.

Эти изменения касались прежде всего основных принципов организации трибунала, повлиявших на его ход.

Устав Токийского трибунала определял: трибунал состоит из одиннадцати членов, назначенных Главнокомандующим союзных держав; для кворума необходимо присутствие большинства членов трибунала. Таким образом, временное или постоянное отсутствие трех и даже четырех членов трибунала не служило препятствием для продолжения процесса. Все решения, в том числе и о признании виновности и назначении наказания, должны были приниматься простым большинством голосов присутствующих членов трибунала. В случае если голоса разделятся поровну, решающим считался голос председателя. Так что трибунал был правомочен действовать при наличии на заседании шести членов из одиннадцати, причем в этом случае приговор мог быть принят голосами председателя и двух членов.

Статья 25 Устава Нюрнбергского трибунала предусматривала, что все официальные документы представляются и все судебные заседания ведутся на русском, английском, французском и немецком языках.

Статья 9 Устава Токийского трибунала определила, что официальным языком процесса является английский, а также язык подсудимых, то есть японский. И в этом вопросе не был соблюден принцип равноправия стран, учредивших трибунал.

Наши представители на процессе вспоминали такую историю. Когда обвинитель от Франции Онето попытался предоставить доказательства на французском языке, он был остановлен председательствующим Уэббом, запретившим ему продолжать выступление. Дело дошло до того, что Онето покинул зал заседания. Уэбб принял решение: либо Онето извинится, либо будет привлечен к ответственности за оскорбление суда (по англо-американскому праву подобные вопросы председательствующий мог решать единолично). Онето пришлось извиниться, после чего Уэбб признал инцидент исчерпанным и разрешил обвинителю пользоваться французским языком, но только для вводных фраз, которые предшествуют оглашению письменных доказательств на английском языке. В дальнейшем Онето всякий раз перед представлением нового доказательства произносил одну или две трафаретные фразы примерно такого содержания: «Сейчас мы представим суду такой-то документ, которым постараемся доказать то-то и то-то». Затем он уступал место американцу, который уже на английском языке зачитывал представляемое доказательство.