Через некоторое время Нострадамусом заинтересовалась инквизиция. Его заподозрили в ереси и непочтительном отношении к христианским постулатам. Вероятно, эти обвинения имели под собой почву: родители Нотрдама, официально приняв христианство, втайне продолжали исповедовать иудаизм. В традициях этой же религии они воспитывали и сына. Да и изучение каббалы, которым занимался Нотрдам, было несовместимым с христианством.
А вскоре нагрянула и настоящая беда – на Прованс наступала чума. Эта страшная болезнь унесла жизни близких для Мишеля людей – жены и детей. Но, несмотря на горе, молодой доктор вступил в борьбу со страшной болезнью. Он переезжал из Марселя в Экс, из Тулузы в Лион, но чуме было трудно противостоять, ведь в те времена еще не умели лечить эту страшную болезнь. Люди просто спасались бегством. Вместе со всеми бежали и врачи. Только Нострадамус в одиночку противостоял губительной заразе.
Лечением чумы заниматься было бесполезно, и молодой врач направил все свои усилия на ее профилактику. Он заставлял горожан проветривать дома, мыть руки, окуривать помещения дымом пряностей. Советовал постоянно держать во рту пилюли из корицы и гвоздики. Причем он готовил их на свои собственные средства и раздавал на улице всем желающим бесплатно.
Он стал организатором карантина, изолируя зараженные кварталы. Молодой врач без страха сражался со страшной болезнью и днем и ночью, и случилось чудо – чума отступила. Столица Прованса чествовала Нотрдама как героя. Муниципалитет города назначил спасителю пожизненную пенсию, а горожане подносили ему щедрые дары. Но врач пожертвовал все сиротам и вдовам погибших от заразы людей.
Многие исследователи жизни Нострадамуса считают, что он черпал свои знания из древнего учения каббалы. Впрочем, многие известные ученые и мудрецы прибегали к этому старейшему источнику знаний. Даже Пифагор был поклонником древней мудрости, заключенной в каббале.
Именно в этот период он стал заниматься предсказаниями, и в 1550 году вышел его первый альманах. В нем Нострадамус использовал многолетние записи о погожих и непогожих днях, примерный календарь разливов, сведения о болезнях и смертях. В итоге его альманах стал очень популярным.
А в 1555 году Нострадамус выпустил следующий альманах, в котором появились предостережения в адрес французского короля, которые и сбылись.
Но, посвятив много времени своему новому занятию, Нострадамус не оставлял врачебную практику.
В 1564 году королева Екатерина навестила пророка в Салоне. С ней приехал и ее сын, Карл IX, сменивший старшего брата, умершего вскоре после коронации. Предсказания Нострадамуса продолжали сбываться. И вскоре Генрих III взошел на престол, сменив Карла. А между тем в стране нарастала смута. Для предсказателя это были нелегкие годы, его даже арестовывали. Правда, в тюрьме пророка продержали недолго, через неделю он был освобожден. Но сырая темница пагубно отразилась на его здоровье.
В 1569 году Екатерина Медичи назначила Нострадамуса королевским лейб-медиком. Однако застарелые болезни уже давали о себе знать, предсказателя мучил сильный артрит, да и сердце давало о себе знать. Как врач он понимал, что конец близок. Он закончил свой последний альманах, разделил наследство между своими детьми. Зайдя 1 июля в комнату Нострадамуса, его секретарь Шевиньи пожелал ему спокойного сна. На что предсказатель ответил ему: «Утра для меня уже не будет». И действительно, на рассвете искусный врачеватель и пророк умер.
Великий человек умер, но миф о нем только начинал жить. Его похоронили стоя, в стене салонской церкви Святого Лаврентия. Он сам завещал похоронить себя так, по его собственному утверждению, для того, чтобы достойно встретить день Страшного суда.