По плану подготовки к походу в Средиземное море экипаж АПЛ К-141 «Курск» должен был с середины января 1999 года приступить к обучению в Учебном центре ВМФ города Обнинска. Атомная подводная лодка на период обучения первого экипажа передавалась в эксплуатацию резервному экипажу.

Из-за отсутствия на Северном флоте денежных средств первый экипаж К-141 «Курск» прибыл на учебу с большим опозданием. Командование флота приняло решение сократить учебную подготовку экипажа в учебном центре. Приказ главнокомандующего ВМФ запрещал сокращать сроки обучения подводников в учебных центрах, но, как уже не раз говорилось, руководство Северного флота давно перестало обращать внимание на какие-либо запреты и требования старших начальников ВМФ. Они самостоятельно принимали любые решения, и Главный штаб ВМФ не мог что-либо поделать с таким произволом на Северном флоте. Так было и в этот раз. Опрометчивое решение руководителей Северного флота сократить сроки обучения экипажа К-141 «Курск» в центре подготовки подводников никто из вышестоящих начальников Главного штаба ВМФ не поправил.

В заключительном акте проверки уровня профессиональной подготовленности экипажа командование Учебного центра ВМФ отметило тот факт, что из-за малых сроков экипаж К-141 не прошел в полном объеме обучения по вопросам боевого применения торпедного оружия, ядерной безопасности, ведения борьбы за живучесть подводной лодки и мерам безопасности при выполнении практических боевых упражнений в море. На эту запись никто не обратил внимания ни в штабе Северного флота, ни в штабе 1-й флотилии подводных лодок, ни в штабе 7-й дивизии. После возвращения экипажа с обучения сразу же была начата подготовка к походу. В августе 1999 года первый экипаж «нa бумаге» выполнил весь необходимый перечень мероприятий, которые предусматривались планом подготовки дальнего похода. Фактически два важных пункта этого плана оказались невыполненными. На АПЛ «Курск» в 1998 году проводился доковый ремонт. После такого ремонта положено испытывать корпус подводной лодки и все ее системы погружением на рабочую глубину. Плавание на рабочей глубине погружения должны проводить и те подводные лодки, которые готовятся к дальним походам. К-141 не выполняла глубоководного погружения на государственных испытаниях, после докового ремонта и в период подготовки к дальнему походу. В этих случаях требования служебных документов существенно ограничивают боевые возможности подводной лодки, потому что плавание АПЛ в море без испытаний корпуса на рабочих глубинах погружения создает угрозу безопасности экипажа. Эти требования знали руководители Северного флота, и по отчетным документам подводная лодка глубоководные испытания выполнила.

Второй пункт плана подготовки, который экипаж «Курска» не выполнил, касался боевых упражнений. Как уже ранее говорилось, перволинейные экипажи подводных лодок должны ежегодно выполнять стрельбы практическим торпедным оружием. Такие же требования были установлены и в отношении тех экипажей, которые готовились к дальним походам. Первый экипаж К-141 «Курск» не выполнял практических торпедных стрельб ни в 1998 году, ни в 1999 году, ни в процессе подготовки к походу в Средиземное море. Чтобы скрыть факт неготовности АПЛ К-141 «Курск» к походу, командование Северного флота и 1-й флотилии подводных лодок произвело ложный доклад в Главный штаб ВМФ о том, что экипаж и подводная лодка полностью готовы к походу, и получило разрешение из Москвы на его выполнение. Недостатков в подготовке экипажа и корабля к походу Главный штаб ВМФ не заметил.