В XVI в. произошли глубокие изменения в основах богословия, решающую роль в которых сыграли Эразм Роттердамский (14661536), Мартин Лютер (1483–1546) и Жан Кальвин (1509–1564). Распространению новых идей в значительной степени способствовало изобретение печатного станка (составленное Колумбом описание его первой экспедиции в Америку в 1492 г. появилось в печати всего лишь год спустя). Спустя столетие решающим фактором в развитии университетов стали работы таких выдающихся математиков, как Николай Коперник (1473–1543), Пьер Раме (1515–1572), Галилео Галилей (1564–1642), Рене Декарт (1596–1650) и Христиан Гюйгенс (1629–1695).
В XVII в. на первый план вышли науки, связанные с точными наблюдениями за природой. Благодаря Фрэнсису Бэкону (1561–1626), Роберту Бойлю (1627–1691), Исааку Ньютону (1643–1727) и Герману Бургаве (1668–1738) экспериментальный метод стал прочной основой научной работы, дополнявшей теоретические рассуждения. Однако не все ученые допускались к преподаванию в университетах; многие из них жили на собственные средства или на стипендии, иногда по своему выбору, а порой и поневоле, поскольку университеты зачастую враждебно воспринимали новые учения. Великое возрождение науки в значительной степени обошло стороной университеты, которые обоснованно видели в новых знаниях угрозу сложившемуся порядку преподавания в них соответствующих дисциплин. В результате появление таких прикладных наук, как инженерное дело, лесное хозяйство и ветеринария, привело к основанию самостоятельных, не связанных с университетами специализированных школ. Этот процесс совпал с постепенным, но бесповоротным выходом университетов из-под влияния Церкви. Боннский университет стал первым католическим учебным заведением, которое открылось в 1818 г., не получив разрешение папы – папскую привилегию.
К концу XVIII в. даже традиционная структура факультетов прикладных искусств и философии, права, медицины и теологии постепенно меняется в сторону большей специализации факультетов. После революции во Франции создаются высшие школы (фр. hautes ecoles), призванные заменить упраздненные университеты, а также появляются первые политехнические институты и новые факультеты для преподавания военных наук. Все эти изменения означали кардинальный уход от средневековой системы университетского образования. Противники официальной Церкви создавали свои собственные учебные заведения; так, например, в результате Реформации и политических манифестов мятежных голландцев возник Лейденский университет. Долгое время он не признавался германским императором, поскольку был основан не по указу официальной власти – испанского короля Филиппа II[44]. Нонконформисты создавали частные школы в Англии, в 1527 г. граф Филипп Гессенский основал Лютеранскую школу без папского благословения или разрешения императора (которые были получены позже, в 1541 г.). В Германии и Женеве открылись кальвинистские академии, но им не разрешалось присуждать ученые степени.
Дополнительным препятствием на пути к модернизации университетов стали попытки существующих университетов помешать созданию новых. Краковский университет, один из старейших в Европе, не давал возможности приобрести университетский статус школам в Хелмно, Познани и многих других городах Польши, которые долгое время оставались всего лишь его филиалами. В Англии Оксфорду и Кембриджу удалось не допустить создания университетов в Манчестере, Йорке и Дареме. Представителям точных наук пришлось выдержать ожесточенную битву, чтобы добиться преподавания этих дисциплин в университетах. Специализированные кафедры и институты оставались вне университетов до тех пор, пока не были созданы настоящие факультеты естественных наук.