25 февраля 1865 г. в южной части Александровского парка купец второй гильдии Юлиус Гебгарт и его жена голландка Софья Гебгарт получили земельный участок около 3,5 десятин, на котором решили устроить зоологический сад. Большую часть территории отвели под зверинец, а на участке, выходящем к Неве, устроили сад с террасой и рестораном.

1 августа 1865 г. состоялось открытие первого в России стационарного зоологического сада. В нем содержались слон, ягуар, рысь, леопард, дикобраз, антилопа. Были медведи, восемь лисиц, два муравьеда, сорок обезьян. В 1866 г. в саду устроили ледяные горы. Играли «два хора военной музыки». Со смертью Ю. Гебгарта в 1871 г. зоопарк захирел. Через некоторое время вдова вышла замуж за гимнаста Эрнста Роста, который с 1873 г. стал хозяином зоосада. Новый владелец произвел дренаж территории, установил газовое освещение, водопровод и канализацию, построил зимние помещения для животных.

Э. Рост, прежде всего, был коммерсантом, поэтому на территории зоосада он построил театр и ресторан «Зоология». На подмостках театра выступали впоследствии широко известные деятели театра, среди них – актер и режиссер Н.Н. Собольщиков-Самарин, один из основателей Большого Драматического театра Н.Ф. Монахов, знаменитый И.И. Излер – устроитель петербургских увеселений, театральный предприниматель П.В. Тумпаков.

Зоосад посещал А.А. Блок. 19 июня 1912 г. он записал в дневнике: «Плетусь в Зоологический сад. Посмотрев разных миленьких зверей, начинаю слушать совершено устаревшего „Орфея в аду“».

С 1879 по 1889 г. в зоосаде устраивались этнографические выставки, на которых демонстрировались бушмены, зулусы, кафры, нубийцы, пигмеи с разными предметами их быта, с домашними животными. В 1880 г. показаны четырнадцать нубийцев в «живописной картине их неприкрашенной африканской жизни».

Расходы на содержание животных были очень велики – в среднем по 48 тысяч рублей ежегодно. Но были и пожертвования. Александр II подарил двух слонов, принц А.П. Ольденбургский – мандрила, офицеры корвета «Рында» – японского медведя. Важным делом дирекция зоосада считала акклиматизационные опыты. Для обмена опытом Э. Рост в 1886 г. ездил в лондонский зоосад.

В Зоологическом саду. 1900-е гг.

В 1897 г. Э. Рост скончался, и зоопарк переходил от одного владельца к другому. В 1910 г. его закрыли и всю коллекцию животных распродали за долги. Спустя год зоопарк вновь открылся. В нем демонстрировались животные, приобретенные новым владельцем.

В апреле 1918 г. зоосад национализировали, и он стал научнопросветительным учреждением. Его управляющим назначен зоолог Н.П. Танасийчук. Общее руководство осуществлял научный совет (упразднен в 1924 г.), в который вошли авторитетные ученые-зоологи А.А. Бялыницкий-Бируля, В.Л. Бианки, В.А. Догель, Н.А. Холодковский и другие. Подбор зверей и птиц стал производиться на строго научной основе. Территория зоопарка значительно увеличилась, составив 6,7 га. Тогда же родилась традиция проведения массовых экскурсий.

Осенью 1924 г., после сильного наводнения, многие помещения зоопарка были разрушены, погибли многие редкие животные. В 1928 г. восстановлены старые помещения, построены бассейн для белых медведей, здание львятника, перестроили обезьянник и оленник. Затем появились павильоны для медведей, мелких хищников. С 1929 г. в саду работал Кружок юных зоологов.

С началом Великой Отечественной войны часть редких и ценных животных эвакуировали в Казань. В ночь с 8 на 9 сентября 1941 г. на территорию зоосада упали три фугасные бомбы. Под обломками слоновника погибла слониха Бетти, разрушено здание обезьянника. Зоосад закрыли. Летом 1942 г. зоопарк вновь принял посетителей.