За труды Строгановых по присоединению Сибири к Московскому царству Иван IV разрешил им торговать беспошлинно на территории своих вотчин.

Московским царем в 1583 году стал сын Ивана IV Федор Иоаннович, начинавший свой день с молитвы: «Дай, Господи, никому не сделать ничего плохого». Правительство возглавил боярин Борис Годунов, чья сестра Ирина была женой царя. Все современники писали, что при Борисе Годунове «народ отдохнул». Борис Годунов заключил мир с Речью Посполитой, укрепил границы, начал восстановление крестьянских хозяйств, разрешенных Иваном IV.

В 1589 году в Московском царстве был введен сан патриарха. Титул патриарха (греч. patriarches – отец, управляю) был установлен в 451 году Халкидонским собором. Так стали называть главу самостоятельной, автокефальной христианской церкви. После разделения в 1054 году церкви на западную – католическую и восточную – православную титул патриарха остался за высшими иерархами восточной церкви. В Византийской империи восточную церковь возглавили четыре патриарха – Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский.

Выбранный в 1589 году московский патриарх Иов был посвящен в сан константинопольским патриархом Иеремией. Назвав Иова «отцом отцов и патриархом всех северных земель», константинопольский патриарх уехал домой, щедро награжденный драгоценными кубками, жемчугом, деньгами, соболями и шелком. Восточные патриархи подтвердили учреждение патриаршества в Московском царстве, что значительно подняло его авторитет, потерянный во время правления Ивана IV Ужасного. По принятому Русской церковью уставу избиравшийся пожизненно патриарх управлял церковью вместе со священным Синодом и подчинялся только Поместному и Архиерейскому соборам.

В 1598 году со смертью Федора Иоанновича династия Рюриковичей пресеклась. Новым царем был избран Борис Годунов. Он в первую очередь завершил присоединение Сибири, построил и укрепил Тюмень, Тобольск, Томск и Туринск. Он строил многие новые города, приглашал из-за границы врачей и аптекарей. Он начал борьбу с народным пьянством, чем многих настроил против себя. Он хотел создать в России школы с изучением иностранных языков и вызвать для этого учителей из Европы. Борис Годунов послал за границу учиться двадцать дворян, которые после учебы в Европе не захотели возвращаться в допетровскую Россию.

Активная внутренняя политика требовала больших денежных средств и в 1597 году Борис Годунов отменил Юрьев день, полностью введя в государстве крепостное право.

«Люди» – так называли простых, лично свободных жителей Древней Руси. Их жизнь защищал закон – «Русская правда». Они не состояли на службе великого князя, но только платили ему дань – натуральный или денежный налог. Большую группу «людей» составляли «смерды» – все свободное сельское население. Их считали государственными крестьянами, жившие на великокняжеской земле. Позже смердов сменили «черные люди» – крестьяне, полностью платившие все виды государственных налогов и повинностей. Холопы не имели никакого отношения к черным людям. Домашние рабы не имели никаких гражданских прав и считались собственностью владельца.

Слово «крестьянин» – «христианин», появилось в конце XIV века. В Московском княжестве этот термин имел религиозно-национальный смысл и обозначал весь русский народ. Крестьяне были прикреплены к земле и были подчинены административной и судебной власти землевладельцев. До отмены Юрьева дня крестьяне имели право перехода от одного помещика к другому. Указ 1597 года закрыл последнюю отдушину для людей, державших на своих плечах российскую государственность. Самодуров-помещиков на Руси всегда было очень много и крестьяне уходили от помещиков. В государстве появилось много беглых и гулящих людей. С конца XVI века это явление приобрело массовый характер. Под давлением помещиков, которым грозило разорение, власти увеличили срок сыска беглых людей до пятнадцати лет. Помещикам не возвращались только крестьяне, ставшие казаками.