Были созданы десятки приказов. Наряду с отраслевыми были созданы и территориальные приказы, ведавшие определенными областями государства. Большинство приказов размещалось в Московском Кремле на Ивановской площади, в приказных палатах и избах. Обычно приказ помещался в просторной избе из двух-трех срубов. Изба отапливалась глиняными печами, а двери и слюдяные окна для тепла были обиты сукном и войлоком. В избе находились простые столы и скамейки. Дела хранились в лубяных и осиновых коробах. Судьи и дьяки сидели в хорошо обставленной горнице, просители стояли и сидели в сенях или на крыльце.

Делопроизводство в приказах велось чрезвычайно запутанными способами. Рабочий день в них продолжался почти половину суток, часто работали и в праздники. Несмотря на это, приказы были завалены нерешенными государственными делами. До частных дел руки вообще не доходили. Их приходилось «решать» просителям. Контроль за работой приказов вели с помощью жалоб и доносов приказных служащих. Исполнение работы и решение дел зависело от служебных качеств судей, дьяков, подьячих, приставов, переводчиков, даже сторожей. Приказов было множество – Аптекарский, Астраханских дел, Большого дворца, Большого прихода, Большой казны, Бронный, Великого княжества Литовского, Великой России, Верхней типографии, Владимирской четверти, Галицкой четверти, Городового дела, Денежного и хлебного сбора, Денежной раздачи, Доимочный, Житный, Записной, Земский, Золотых дел, Иконный, Иноземный, Казанского дворца, Казачий, Казенный, Калмыцких дел, Княжества Смоленского, Конюшенный, Костромской четверти, Купецких дел, Ловчий, Мещанского суда, Монастырский, Мушкетного дела, Новгородской четверти, Оружейной палаты, Панский, Печатный, Полковых дел, Полоняничный, Посольский, Постельничий, Приказных дел, Пушкарский, Разбойный, Разрядный, Розыскных дел, Ратных дел, Рудного сыска, Семеновский, Серебряный, Сибирский, Сокольничий, Стрелецкий, Судный, Сыскной, Тайных дел, Устюжской четверти, Хлебный, Челобитный, Ямской.

Одним из главных приказов был Разрядный. Он вел «разряд» – войсковую роспись ратных людей, в которой указывались занимаемые ими должности. Разряд ведал службой ратных людей, вел разрядные книги, назначал воевод, контролировал выплату поместного и денежного жалованья. Он проводил особые смотры дворян и детей боярских для определения их в воинскую службу, повышал или понижал в чине, увеличивал или уменьшал размер поместья, судил проворовавшихся воевод, приказных, ратных людей. Разрядный приказ быстро стал важнейшим органом управления государства. Ему подчинялись областные разряды – военные округа.

В 1577 году был создан Поместный приказ. Он ведал государственными землями, раздаваемыми в качестве земельного жалованья, поместья, служилым людям. Поместный приказ выдавал акты на право владения землей, жалованные грамоты, решал земельные споры, вел «даточные книги» с указанием размеров всех поместий. Он вел переписи населения – в 1533 году в Московском государстве жили девять миллионов человек.

Оружейная палата, арсенал, ведал изготовлением и хранением оружия, боеприпасов и военного снаряжения. Палатой заведовал Оружейный приказ.

Со времен Ивана IV большую роль в управлении государством стали играть воеводы, руководившие войсками Московского царства. Конница состояла из дворян и детей боярских, служилых татар и царского полка. В артиллерию входили полевой и крепостной «наряды». Наряд обслуживали воротники, затинщики, кузнецы, плотники. Большую роль в победах русского войска играл «гуляй-город» – передвижная деревянная крепость.