В 1895 году Я. Ганеман разработал и представил на рассмотрение городской думы новый проект засыпки каналов и реки Мойки для прокладки вдоль старого русла водоемов электрической железной дороги. Этот проект как «не разработанный в техническом отношении» также решительно отвергли.

В 1901 году гражданский инженер П.И. Балинский и американский инженер М.А. Вернер представили в Министерство внутренних дел еще один проект, рассмотренный в Комиссии о новых железных дорогах при Министерстве финансов. По этому проекту в столице предполагалось построить метрополитен на насыпях и эстакадах, расположенных на высоте от 5 до 10 м над уровнем городских улиц. «Большое кольцо» метрополитена предполагалось протянуть по Сенной площади, набережным Екатерининского и Крюкова каналов, по набережной реки Мойки с выходом на Неву. По узкому железнодорожному пути над Невой поезда метрополитена должны были попадать на Васильевский остров по 12-й линии, пересекать Петровский, Крестовский и Каменный острова и продолжать путь по Выборгской стороне.

Согласно замыслам авторов проекта, линии «большого кольца» пересекали территорию Большой и Малой Охты и в районе Александро-Невской лавры возвращались на левый берег Невы. Длина всей дороги, по расчетам П.И. Балинского и его компаньона, должна была составить 95,5 версты. Предполагалось, что поезда будут следовать каждые 2–3 минуты со скоростью 43–76 км/ч.

Стоимость строительных работ, по расчетам проектировщиков этой линии метрополитена, составляла 190 миллионов рублей. Под эстакадами скоростной железной дороги авторы проекта предлагали разместить всевозможные склады и магазины. Проект нашел поддержку петербургского градоначальника, члена Государственного совета Н.В. Клейгельса. Однако городской голова П.И. Лелянов, гласный городской думы В.А. Тройницкий и представитель Святейшего синода действительный статский советник К.И. Дылевский указали, что проект нарушает предусмотренные строительные нормативы, запрещающие установление каких-либо объектов, в том числе и предусмотренных проектом столбов ближе чем на 40 метров от церковных зданий и сооружений.

Председатель Комиссии о северных железных и водных путях и торговле Петербургского порта при городской думе Н.А. Архангельский также усмотрел в проекте ряд моментов, нарушающих интересы города. Оказалось, что проект Балинского и Вернера поступил на рассмотрение после того, как дума уже утвердила строительство на территории столицы сети электрических дорог (трамвайного движения). Кроме того, проведение скоростной дороги по территории исторических районов Санкт-Петербурга на уровне второго и третьего этажей жилых зданий не только затемнило бы улицы и жилые помещения в домах, но и ухудшило бы условия проживания в них горожан. Невыносимые грохот и шум от непрерывного движения пассажирских поездов в непосредственной близости от жилых строений могли бы привести к их преждевременному разрушению от постоянного сотрясения и резкому обесцениванию квартир. Комиссия посчитала представленный проект «убыточным для жителей столичного города» и единогласно отвергла его.

И наконец, в начале ХХ столетия возник план продолжения Большой Морской улицы по набережной Мойки до Невы, где она должна была встретиться с продолжением Английской набережной. Знаток Петербурга Л.И. Бройтман в монографии, посвященной истории одной из интереснейших центральных улиц столичного города, в этой связи писала: «Предполагалось уничтожить склады „Новой Голландии“ и судостроительный завод „Новое Адмиралтейство“. Оба освободившихся острова собирались разбить на участки и пустить их в продажу, а Крюков и Ново-Адмиралтейский каналы засыпать. К счастью, план этот не выполнен и Большая Морская улица по-прежнему завершается у чудесного и романтического островка Новой Голландии, окруженного водоемами».