В 1919 году в Киеве же на собственные средства архимандрит Спиридон издает «Исповедь священника перед Церковью», в которой рассказал о своем военном опыте и попытке повлиять на позицию церковного руководства в вопросе христианского отношения к войне. В 1920 году о. Спиридон издает еще одну свою книгу «Царь христианский». Это своего рода мистико-богословский разговор о смысле жизни с точки зрения христианского сознания, ищущего возможности освободиться от плена мирских идолов и иллюзий. В этом сочинении он выступает уже полностью как самостоятельный автор. (Хотя редакторская помощь при ее написании ему была явно оказана.)

Между тем именно в год выхода этой работы в Киеве окончательно утвердилась власть большевиков. Об обстоятельствах последнего десятилетия жизни о. Спиридона до нас дошли лишь обрывочные факты и скудные свидетельства.

В том же году он буквально спас от смерти из-за обострившегося туберкулеза своего юного друга, студента Киевского университета Анатолия Евгеньевича Жураковского (1897–1937). После выздоровления тот принимает священный сан и вскоре становится во главе небольшой православной общины из киевской интеллигенции. В 1922-м оба священнослужителя, так же как и В. И. Экземплярский, много сделали для отражения в Киеве атаки на православие со стороны «красного» духовенства (т. н. обновленчества). За эту деятельность о. Анатолий был арестован и отправлен в ссылку. После возвращения из нее в конце 1924 года между Жураковским, этим киевским «златоустом», с одной стороны, и пастырем рабочих и бедняков, архимандритом Спиридоном – с другой, вновь наладились отношения. Известно, что последний в течение нэпа служил «Царю христианскому» с напряжением всех сил.

В «старое время» архимандрит был винтиком православной агитационной машины, его служение определялось заданиями начальства, своеобразными представлениями о целесообразности, которыми руководствовались церковные бюрократы. В Сибири, в Каменце-Подольском (Юго-Западный край) о. Спиридон произносил проповеди перед огромными скоплениями народа. При этом в его воспоминаниях не заметно участие в индивидуальной работе с людьми.

Только с конца 1917-го он начинает заниматься собственно пастырством. С этого времени у него появляются ученики из молодых людей, которых он готовит к будущему служению в священном сане. Он участвует в деятельности Киевского христианского студенческого кружка, в миссии среди детей и бедняков, организует материальную поддержку бедствующей профессуре Киева. Его жизнь до краев наполняется чисто христианским содержанием. В конце концов его могучее здоровье пошатнулось. Жураковский писал в одном из писем ноября 1926-го года:

«Болен о. Спиридон. Надорвался сильно. Может быть, не вернется к активной, полной церковной работе, по крайней мере, в широком масштабе».

Масштаб этот и впрямь был необычен, особенно в годы нэпа в СССР с его деградирующей и усыхающей общественной жизнью.

В свое время В. И. Экземплярский критиковал подмену церковной жизни администрированием и угождением светским властям. Возможность восстановления в Церкви ее апостольских принципов он видел в возврате верующему народу дара свободы. Тогда, по убеждению профессора и его соратников, осуществится мечта ранних славянофилов и дух божественного творчества будет двигать историей Церкви, как того желали ее основатели. При этом он еще до Первой мировой войны осознал трагизм положения человека, стремящегося к доброделанию в расколотом грехом мире. С его внутренних глаз спали розовые очки благодушной надежды на конечную всеобщую победу христианства.