По иронии судьбы, последним, что сделал Авраам Линкольн на своем посту, было подписание закона о создании этого ведомства. Его первым главой стал Уильям П. Вуд, ветеран Американо-мексиканской войны, друг главы Военного министерства Эдвина Стэнтона и начальник тюрьмы «Олд Кэпитл».
Одним из первых заданий Секретной службы стал арест Уильяма Бруквэя, так ловко подделывавшего тысячедолларовые векселя казначейства, что казначейство само оплатило семьдесят пять из них. Вуд самолично выследил Бруквэя в Нью-Йорке, где тот жил под чужим именем. После чего Бруквэй, известный как «Король фальшивомонетчиков», был осужден и отправлен в тюрьму.
К 1867 году Секретная служба взяла проблему изготовления фальшивых купюр под свой контроль и заслужила громкие похвалы в прессе.
«Преступники остерегаются оказаться на пути у Секретной службы, – писала «Филадельфия Телеграф». – Преследование неотвратимо, как смерть, и заканчивается только поимкой или гибелью преступника».
Оценив успехи Секретной службы, Конгресс наделил ее более широкими полномочиями по расследованию других преступлений, включая преступления по отношению к правительству. В 1894 году Секретная служба расследовала заговор группы «западных мошенников, анархистов или недовольных», собиравшихся убить президента Гровера Кливленда в Колорадо. Превышая свои полномочия, ведомство выделило двух сотрудников, которые проводили расследование с целью защитить Кливленда от возможных убийц. Какое-то время двое агентов ездили в своем экипаже позади президентского. Но после критики со стороны оппозиции, Кливленд отказался от помощи агентов.
Поскольку количество писем с угрозами в адрес президента возрастало, жена Кливленда убедила его увеличить охрану Белого дома. Число полицейских, несущих здесь службу, увеличилось с трех до двадцати семи. В 1894 году Секретная служба вдобавок к этим мерам безопасности стала обеспечивать охрану и в неофициальных ситуациях, сопровождая президента во всех поездках.
Это не помогло следующему президенту – Уильяму Мак-Кинли. В отличие от Линкольна и Гарфилда, Мак-Кинли охраняли в тот момент, когда 6 сентября 1901 года в него стрелял Леон Чолгош. В тот день Мак-Кинли участвовал в общественном приеме в павильоне «Храм Музыки» на Панамериканской торгово-промышленной выставке в Буффало, штат Нью-Йорк. Длинная очередь граждан выстроилась, чтобы пройти между двумя рядами полицейских и солдат и пожать руку президенту. Два агента службы безопасности стояли от него на расстоянии не более метра, когда двадцативосьмилетний самозваный анархист присоединился к очереди и дважды выстрелил в президента из пистолета, спрятанного в платок. Пули попали Мак-Кинли в грудь и живот, и спустя восемь дней он умер от заражения крови.
И все же прошел еще год до того, как в 1902 году Секретная служба официально приняла на себя полномочия по охране президента. Да и то не имея на это законных оснований. Хотя в 1906 году Конгресс начал выделять деньги специально на эти цели, но это делалось только раз в год, в рамках Закона о различных гражданских расходах.
В то время как все больше мер безопасности применялось для охраны лидеров страны, президент Теодор Рузвельт писал сенатору Генри Каботу Лоджу, что он считает Секретную службу «…очень маленькой, но необходимой занозой. Конечно, – продолжал он, – они бы очень пригодились, если бы нужно было предотвратить нападение на меня. Я не верю, что существует опасность такого нападения, а если бы она и была, то, как говорил Линкольн: „Возможно, президенту безопаснее было бы жить в клетке, но это помешало бы его работе“».