Новый император-язычник не жаловал Климента. Чашу его терпения переполнило известие, что Климент убедил принять христианскую веру домашних самого императора. Убить популярного епископа в Риме Траян все же не решился, но велел сослать в таврические каменоломни, чтобы каторжным трудом сломить строптивца. Но и здесь Траян просчитался! Проводы Климента в неблизкий Херсонес превратились в мощную демонстрацию сплоченности последователей новой веры. Многие добровольно отправились в ссылку за своим пастырем.
Ко времени пребывания Климента в Херсонес, там, на каторжных каменоломных работах трудилось уже более двух тысяч христиан. Среди них были еще те, кто помнил посещение города апостолами во главе с Андреем Первозванным. Появление в Херсонесе Климента вселило в сердца этих людей надежду на лучшее. Предоставим здесь слово одному из биографов святого Климента: «…Близ места работ не было воды, вследствие молитвы св.
Климента, обще со ссыльными, Г осподь открыл источник. Предание указывает до сего времени на колодезь, находящийся между двух скал Инкерманской киновии, как на воду, чудесно явившуюся по молитве св. Климента: слухи об этом чуде распространились по всему Таврическому полуострову, и многие туземные обитатели приходили креститься, есть сказание, что св. Климент всякий день крестил до 500 язычников и число христиан до того множилось, что для них потребовалось устроить новые христианские общины (церкви), которых при жизни св. Климента считалось до семидесяти пяти».