В сентябре 1915 г. морской министр адмирал И.К. Григорович в своем письме к военному министру генералу А.А. Поливанову, являвшемуся одновременно и председателем Особого совещания по обороне, сообщал, что с 1912 г. немцы и австрийцы стали проявлять усиленную активность в изучении военно-морского потенциала России, а с началом войны противник сумел «глубоко проникнуть во все области военно-морского дела». Адмирал отмечал, что контрразведка военного ведомства, перегруженная своей основной работой, не уделяет должного внимания флоту, и предлагал выделить морскую контрразведку в самостоятельную структуру. Одновременно с письмом направлялся выработанный МГШ проект «Положения о морских контрразведывательных отделениях». Григорович предлагал Поливанову высказать свои замечания, но это, пожалуй, была лишь бюрократическая формальность. Морской флот принял твердое решение о создании собственной контрразведки. В проекте Положения задача морских КРО определялась как: «Борьба с военно-морским шпионством и вообще воспрепятствования тем мерам иностранных государств, которые могут вредить интересам морской обороны империи».
В конце сентября 1915 г. «Положение о морских контрразведывательных отделениях» было принято. В соответствии с ним учреждались следующие органы: КРО Морского Генерального штаба, Финляндское, Балтийское, Черноморское, Беломорское и Тихоокеанское морские КРО.
Это «Положение» лишь в общих чертах определяло цели, задачи и районы деятельности морских КРО. В развитие его были приняты для отдельных районов специальные нормативные акты по вопросам контрразведки.
Одним из первых руководителей контрразведывательного отделения при Морском Генеральном штабе был капитан 2-го ранга М.И. Дунин-Барковский. В возглавляемое им отделение входили три делопроизводителя: капитан 2-го ранга А.А. Нищенков, старший лейтенант В.А. Виноградов и лейтенант Н.Н. Гойнинген-Гюне[35].
Наиболее активно морское командование взялось за создание контрразведки Черноморского флота. Уже 14 октября 1915 г. начальник штаба Верховного главнокомандующего генерал М.Н. Алексеев утвердил «Положение о разведывательном и контрразведывательном отделениях штаба Черноморского флота в военное время»[36].
Морской министр адмирал И. К. Григорович
Руководителем обоих органов назначался третий помощник флаг-капитана флота, при этом оговаривалось, что он должен быть «основательно знакомый на практике с разведкой и контрразведкой». В 1915–1917 гг. эту должность занимал капитан 2-го ранга А.А. Нищенков, а начальником контрразведывательного отделения был назначен ротмистр А.П. Автономов, откомандированный из Севастопольского жандармского управления.
В августе 1916 г. положение о КРО штаба Черноморского флота было заменено «Положением о разведывательной части штаба командующего Черноморским флотом в военное время». В этом «Положении» по сравнению с предыдущим больше внимания уделялось вопросам регулирования разведывательной деятельности[37].
Создается система органов морской контрразведки на северном театре военных действий. В данном регионе в 1917 г. контрразведку осуществляли: Особый морской Мурманский контрразведывательный пункт штаба Кольского района обороны; Особый Кемский морской контрразведывательный пункт; Беломорское контрразведывательное отделение; контрразведывательное отделение штаба флотилии Северного Ледовитого океана и другие контрразведывательные структуры.
Что же касается контрразведки Морского Генштаба, то укомплектовать и организовать ее работу оказалось сложнее. К середине 1916 г. в Морском Генеральном штабе по примеру ГУГШ было создано Центральное Морское регистрационное бюро. Руководство Регистрационной службы, на которую возлагались функции контрразведки и разведки, приоритетным считало разведывательное направление. В связи с этим особое внимание уделялось укреплению аппаратов военно-морских агентов (атташе), прежде всего в Скандинавии. Туда направлялась большая часть денег из секретных сумм и наиболее опытные кадры, если таковые находились, ибо кадровая проблема являлась наиболее острой в деле создания морской контрразведки.