Для достижения этой цели необходимо было решать следующие задачи: защищать войска, штабы, управления и заведения, обслуживающие армию, от проникновения в них агентов противника; выявлять лиц, распространяющих ложные слухи, особенно с целью распространения паники среди населения; разоблачать лиц, стремящихся создавать затруднения по укомплектованию войск, по подвозу боевых припасов, продовольствия и т. п.; не допускать возможных выводов из строя мостов, железных дорог и прочих сооружений; заблаговременно обнаруживать подготавливающиеся забастовки на заводах и фабриках, изготавливающих необходимые для армии и флота предметы и материалы; выявлять устроенные для передачи сведений неприятелю станции искрового телеграфа, телефоны, голубиные станции и т. п.

Отдельно в п. 6 «Наставления» была подчеркнута обязанность контрразведки поддерживать тесные связи и оказывать помощь командованию армии в выполнении войсками их боевых задач.

Более обобщенно, чем в «Положении о контрразведывательных отделениях» 1911 г., в «Наставлении» определены основные объекты контрразведывательной деятельности. В ст. 32 говорилось: «Контрразведка должна стремиться к выяснению организации разведки противника, центров, откуда высылаются его агенты, и тех направлений, по которым наиболее вероятно главное движение этих агентов в нашу сторону».

Общие указания по контрразведке, дополняющие или развивающие «Наставление», а равно и высшее руководство контрразведкой исходило в военное время на театре военных действий от штаба Верховного главнокомандующего по управлению генерал-квартирмейстера. На местах за организацию, руководство и расходование денежных средств и контрразведку отвечали соответствующие генерал-квартирмейстеры по общим указаниям начальников штабов, а где не было генерал-квартирмейстера, то непосредственно сами начальники штабов. Установление разграничительной линии по территории деятельности отдельных КРО, а также возможные передачи дел о разрабатываемых шпионах из одного органа контрразведки в другой решались начальником штаба фронта «по согласованию с главным начальником снабжений армий фронта».

Кроме того, «Наставление» возлагало ответственность за контрразведку на каждого военного начальника.

Достижение общей цели и задач контрразведки согласно «Наставлению» обеспечивала следующая система контрразведывательных отделений штабов фронтов; армий, входящих в состав фронтов; отдельных армий неместного характера; отдельных армий местного характера; военных округов на театре военных действий; внутренних военных округов вне ТВД и КРО ГУГШ.

Анализ системы органов военной контрразведки на ТВД приводит к выводу, что «Наставление» не предусматривало никакого центрального органа контрразведки, который бы обобщал, анализировал и координировал деятельность всех контрразведывательных органов на ТВД. Хотя КРО ГУГШ согласно ст. 4 «Наставления по контрразведке в военное время» и «…являлось в отношении контрразведки высшим регистрационным и отчетным учреждением для театра военных действий и всего государства», но практически оно было лишено возможности непосредственно осуществлять координирующую деятельность между контрразведывательными отделениями на ТВД, так как находилось в ведении не штаба Верховного главнокомандующего Главного управления, а Генерального штаба и являлось структурным элементом контрразведки вне театра военных действий.

Даже отдельные контрразведывательные действия КРО ГУГШ могло осуществлять на театре военных действий только по согласованию со штабом Верховного главнокомандующего.