Борьба с подрывной деятельностью японской разведки в действующей армии приобретает наиболее четкие организационные формы с октября 1904 г., когда все сухопутные войска на дальневосточном театре были разделены на три отдельные маньчжурские армии.

Общее руководство контрразведкой в действующей армии стало осуществляться штабом главнокомандующего всеми сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке. По свидетельству архивных материалов[33], в данном штабе за борьбу с иностранным шпионажем на театре военных действий отвечало разведывательное отделение управления генерал-квартирмейстера. Этот орган не был чисто контрразведывательным. Его основной задачей являлось руководство и осуществление войсковой и агентурной разведки. В то же время разведывательное отделение управления генерал-квартирмейстера штаба главнокомандующего проводило значительную работу и по линии контрразведки. Оно занималось обобщением и анализом особенностей подрывной деятельности японских спецслужб и вырабатывало для штабов армий соответствующие циркулярные указания, рекомендации и инструкции по борьбе с противником. Так, в июне 1905 г. штабом главнокомандующего была направлена в штабы армий инструкция для агентов-резидентов, занимавшихся контрразведкой против Японии[34].

Штабы армий являлись нижестоящим, по сравнению со штабом главнокомандующего, звеном организации контрразведки в действующей армии на дальневосточном театре военных действий. При каждом штабе армии Положением о полевом управлении войск в военное время предусматривалось создание для ведения агентурной разведки и контрразведки разведывательного отделения управления генерал-квартирмейстера. Постановка контрразведки в армиях показана К. К. Звонаревым на примере III армии.

Основным элементом контрразведки в армии являлись агенты-резиденты, которые располагались в больших населенных пунктах на важных дорогах. Они вели контрразведку в ближайшей прифронтовой полосе. При отходе русских войск агенты-резиденты оставались на этой территории и уже выполняли функции разведки, сообщая о передвижениях японских войск. Агенты-резиденты осуществляли контрразведку через осведомителей, которые добывали первичную информацию о японских шпионах. К проведению контрразведки привлекались также и агенты-ходоки. В штабе III армии с мая по август 1905 г. работали в интересах контрразведки 21 агент-резидент и 46 агентов-ходоков.

Контрразведка в I и II армиях в общих чертах была такой же, как и в III армии.

Низшим звеном организации контрразведки в действующей армии, как об этом свидетельствует опыт русско-японской войны, являлись штабы корпусов, дивизий и некоторых частей.

В корпусах и дивизиях за организацию контрразведывательной работы отвечали непосредственно сами начальники штабов, а в частях – их коменданты. Начальники штабов соединений и тем более коменданты штабов частей не располагали, согласно утвержденному штату, какими-либо подразделениями, которые бы специально занимались борьбой с иностранным шпионажем. Эту работу указанные выше лица должны были проводить, в буквальном смысле слова, собственными силами, являясь одновременно и организаторами и исполнителями данного рода деятельности. Однако по инициативе наиболее предприимчивых начальников корпусов и отдельных отрядов и с ведома вышестоящего военного начальства в некоторых соединениях (корпусах и отдельных отрядах) создавались «бюро» по борьбе со шпионажем. Во главе этих органов были поставлены офицеры Генерального штаба или военноопределяющиеся – бывшие студенты института восточных языков. Агентурная сеть некоторых «бюро» по своей численности и качеству не уступала агентуре штабов армий.