17 мая 1919 года Ленин отправляет Троцкому телеграмму: «Политбюро ЦК всецело поддерживает решительность и одобряет Ваши планы…» Понятно, почему такие документы в сталинские времена хранились за семью печатями.

Когда вышел очередной спор в Политбюро и Троцкий возмутился принятым решением, то Ленин поспешил все уладить. 17 июня 1919 года Ленин пишет записку члену Политбюро Льву Каменеву: «Мы категорически протестуем против всякой попытки найти или усмотреть в этом нашем заявлении что-либо обидное для Троцкого. Напротив, мы настойчиво подчеркиваем, что руководствовались всецело и исключительно соображениями о международном значении товарища Троцкого вообще и его роли в советской и партийной работе в РСФСР».

Ленин и ЦК в те годы неизменно поддерживали Троцкого. Но против него объединились весьма влиятельные в партии люди – так образовалась так называемая военная оппозиция. На VIII съезде в марте 1919 года ее члены попытались дать бой председателю Реввоенсовета. Оппозиция хотела сохранить в армии выборность командиров, предоставить всю полноту власти комиссарам, чтобы они могли руководить и боевыми операциями, а военных специалистов превратить в консультантов.

Троцкий в работе съезда не участвовал – вынужден был срочно выехать на фронт. Активистам оппозиции, напротив, разрешили остаться в Москве, чтобы они могли изложить свое мнение. С изложением тезисов Троцкого выступил Григорий Сокольников, член Реввоенсовета Южного фронта. Он выступал за безусловную дисциплину в армии и против выборности командиров: «Мы были за выборность, когда мы восстановляли солдат против верхов, которые служили царскому, помещичьему и буржуазному режиму».

Сокольников отстаивал необходимость широкого использования кадровых офицеров:

«Выяснилось, что там, где военные специалисты были привлечены… там был достигнут военный успех. И, наоборот, там, где… присланных из центра военных специалистов отсылали обратно или сажали на баржу, как это было в кавказской армии, там мы пришли к полному разложению и исчезновению самих армий».

Представители военной оппозиции во главе с Ворошиловым утверждали, что бывшие офицеры все равно тяготеют к белым и будут к ним перебегать, так что напрасно им дают больше прав, чем комиссарам. Оппозиция возражала против принятого 12 декабря 1918 года Совнаркомом положения о правах и обязанностях командира армии и фронта.

Командующий получал полную самостоятельность в вопросах стратегически-оперативного характера и право назначения всего командного состава. Если член Реввоенсовета был не согласен с действиями командующего, он должен был обращаться в РВС республики. Военная оппозиция оставалась недовольна тем, что в результате комиссару остались функции только политического контроля, а не право командовать. Институт военных комиссаров был введен решением Военно-революционного комитета при Петроградском Совете 20 октября 1917 года, чтобы контролировать действия командиров и помешать их измене.

Задача военной оппозиции состояла в том, чтобы настроить Ленина против Троцкого, а затем свалить его с поста председателя Реввоенсовета. Но Ленин выступил в защиту проводимой Троцким военной политики и самого Троцкого, поэтому материалы дискуссии по военным вопросам никогда при советской власти не публиковались. Ленин со всей страстью накинулся на оппозицию и добился того, что она фактически капитулировала и тезисы Троцкого съезд принял единогласно.

Но Ленин одновременно не хотел ссориться с влиятельными членами партии, поэтому заставлял Троцкого идти на уступки. 26 марта 1919 года Ленин, Крестинский, Сталин и Каменев подготовили проект постановления ЦК: «Просить тов. Троцкого увольнять и перемещать военных работников-коммунистов не иначе как через партийную организацию (оргбюро ЦК)… Указать тов. Троцкому на необходимость как можно более внимательного отношения к работникам-коммунистам на фронте, без полной товарищеской солидарности с которыми невозможно проведение политики ЦК в военном деле».