Работы по постройке «поперечного канала к соединению реки Фонтанки с Мойкой» по чертежам, разработанным и утвержденным в 1780 году, начались весной 1782 года и закончились в 1787. При этом отмечалось, что общий характер архитектурного оформления набережных Крюкова канала со спусками к воде и вделанными в гранитную облицовку стенок железными кольцами для причала барж и иных речных судов был идентичен другим набережным каналов и рек столичного города.

Вначале второй этап канала именовался Никольским, но позже его переименовали и стали называть Крюковым, по аналогии с первым отрезком – между Мойкой и Невой.

Прокладка второго этапа русла Крюкова канала от реки Мойки до реки Фонтанки диктовалась необходимостью расселения в этих местах адмиралтейских служащих. Требовалось эффективное гидротехническое сооружение, чтобы осушить заболоченную местность, и надежная, дешевая водная магистраль для доставки необходимых строительных материалов и продуктов питания.

О плановых перестроечных работах, проходивших во второй половине XVIII столетия на Крюковом канале, о периодическом изменении его русла, по столице расходились не только слухи и предположения обывателей, но и слагались стихи. Поэт Николай Яковлевич Агнивцев, боготворивший Петербург, его дома, реки и каналы, являлся певцом Северной столицы, преклонялся перед судьбой и величием творения Петра I. Он был солидарен с теми, кто считал реки и каналы столицы ее бесценным украшением. Вспоминая в вынужденной эмиграции исторические этапы строительства нашего города, перебирая в памяти события на Мойке, Екатерининском и Крюковом каналах, поэт точными стихотворными штрихами охарактеризовал их прокладку и постройку.

12 августа 1736 года на на территории Морских слобод возник страшный пожар, уничтоживший все строения к югу от Невской першпективы и от эспланады Адмиралтейства до Мойки. Причиной пожара стала невероятная скученность деревянных строений: порой между домами даже один человек проходил с трудом.

Для погорельцев – адмиралтейских служащих – отвели участок за Мойкой, вдоль Глухой речки (впоследствии – Екатерининского канала) от Вознесенского моста до пересечения с нынешним Крюковым каналом.

Автор проекта корпуса Морских казарм, зодчий С. И. Чевакинский

Поблизости, в Калинкиной деревне, с петровских времен существовал морской госпиталь. Местность постепенно стала заселяться адмиралтейскими служащими и адмиралтейскими мастеровыми.

Здесь же, неподалеку от набережных Крюкова канала, предполагалось возвести здания Морского полкового двора – казарм и административных учреждений Морского ведомства. Однако полковой двор, спроектированный сначала И. К. Коробовым, а затем С. И. Чевакинским, построен не был. Сегодня на этом месте располагаются корпуса Никольского рынка.