Во время Великого поста отец Иоанн отменял поездки в Петербург и по вечерам принимал исповедь в Андреевском соборе. Иногда исповедь длилась с двух часов дня до двух ночи с небольшими перерывами, но принять всех желающих просто физически было невозможно – люди ехали исповедоваться в Кронштадт к отцу Иоанну со всей России. С какого-то времени на правах настоятеля отец Иоанн ввел у себя в храме общую исповедь – новое и исключительное явление в русской церковной жизни.

«После полного окончания литургии батюшка обратился к народу со словом, главное содержание которого – призывание всех к покаянию. Говорил он около часа времени, и речь его дышала искренностью и, как таковая, производила глубокое впечатление на народ. Окончив проповедь, он властным голосом сказал:

– Кайтесь все во всех грехах своих без утайки.

Сам же, воздев руки, поднял глаза к небу и начал молиться Господу Небесному о ниспослании прощения грехов грешному народу.

Трудно описать волнение, охватившее присутствовавших…

Поднялся общий вопль, все более и более усиливающийся. Все начали громко называть свои грехи, ибо каждый был занят самим собою и не слушал других. Батюшка окончил свою молитву, но плач и крик не прекращались. Он смотрел пристально то направо, то налево, смотрел на отдаленных, обращался к кому-то со словами „Кайся!“, „Смотри, не делай больше так!“ От этих его действий народ еще больше плакал…» (Поездка в Кронштадт. Из воспоминаний И. Княгницкого).

Имя отца Иоанна не сходило с газетных страниц. Его враги и тайные недоброжелатели (а их было очень много) словно соревновались друг перед другом в злословии и клевете.

«…Смущали их и карета, в которой ездил отец Иоанн, и собственный его пароход, и шелковые рясы, и бриллиантовые кресты, которые он носил. О, близорукие люди! Они не знали, что для самого отца Иоанна шелк имел такое же значение, как и рогожа; что бриллианты для него были не дороже песка, который мы попираем ногами, что все подобные знаки почитания и любви он принимал не для себя, а ради любивших его, дабы не оскорбить их добрые чувства к нему и расположение к тому святому делу, которому служил он всю жизнь свою», – с горечью писал об этом митрополит Антоний (Храповицкий).

Особенно много неприятностей доставляли отцу Иоанну его особо рьяные почитатели, которых пресса окрестила «иоаннитами». В своем преклонении они зашли так далеко, что во всеуслышание называли отца Иоанна новым воплощением Иисуса Христа, Господа Саваофа или пророка Илии. К началу XX века из иоаннитов образовалась особая секта (у них была даже своя «Богоматерь» – Порфирия Киселева), которая не подчинялась ни церковным властям, ни самому Иоанну Кронштадтскому.

Называя себя «апостолами батюшки Иоанна», иоанниты разъезжали по российской глубинке, последними словами клеймили Церковь и духовенство и превозносили отца Иоанна Кронштадтского как «единственного» в России правильного пастыря. Они призывали неграмотный народ в деревнях бросать работу, продавать дома и ехать спасаться в Кронштадт – этот «второй Иерусалим».

По просьбе Священного Синода отец Иоанн несколько раз самолично разбирался с нелепыми баснями, делал публичные заявления, что он не имеет никакого отношения к «невежественным и неосмысленным» людям, но ересь иоаннитов оказалась на редкость живучей.

К сектантам примкнули многочисленные мошенники, которые «причащали» в глубинке доверчивый народ святой водой из Андреевского собора – «всего по рублику», торговали песком, по которому якобы ходил отец Иоанн, и под видом пожертвований для батюшки вымогали деньги. В Кронштадте появились якобы «филиалы» Дома трудолюбия, приюты и частные работные дома, где эксплуатировался детский труд. Громкие скандальные истории выходили на поверхность – и снова в них звучало имя кронштадтского пастыря, раздражая церковные власти и вызывая насмешки либеральной общественности.