В 1154 году отец Андрея, князь Ростовский и Суздальский Юрий Долгорукий стал великим князем Киевским. Раздавая сыновьям уделы, он отдал Андрею Вышгород (к северу от Киева), в котором тот уже княжил однажды (за пять лет до того), но не долго. Не было суждено Андрею задержаться там и в этот раз. Сохранялась в храме женского монастыря в Вышгороде чудотворная икона Богородицы, привезенная из Царьграда и писанная самим евангелистом Лукой. Н.И. Костомаров писал: «Рассказывали о ней чудеса, говорили, между прочим, что, будучи поставлена у стены, она ночью сама отходила от стены и становилась посреди церкви, показывая как будто вид, что желает уйти в другое место». Андрей Юрьевич, узнав об этом чуде, однажды летней ночью 1155 года, с помощью священника и диакона этого монастыря, вынес икону из храма и в ту же ночь, с иконой в руках, двинулся из Вышгорода на север, в Ростов. Князь намеревался эту икону, как писал Костомаров, «перенести в суздальскую землю, даровать таким образом этой земле святыню, уважаемую на Руси, и тем показать, что над этою землею почиет особое благословение Божие». Князь сделал это тайно, без отчего благословения и согласия вышгородцев, «повинуясь лишь воле Божией». И на всем пути от Вышгорода икона являла ему и его спутникам свою чудотворную силу, описанную впоследствии в «Сказании о чудесах Владимирской иконы Божией Матери».

Ночью, в десяти верстах от Владимира, кони вдруг сами остановились, а князю во сне явилась Богородица и приказала ему: «не хочу, чтобы образ Мой несли в Ростов, но во Владимире поставь его, а на сем месте во имя Моего Рождества церковь каменную воздвигни». В память об этом чуде Андрей повелел иконописцам написать икону Божией Матери такой, как Пречистая явилась ему. Икона, названная Боголюбской, прославилась впоследствии многочисленными чудотворениями. На указанном Богородицей месте князь Андрей построил храм Рождества Богородицы (в 1159 году) и заложил город Боголюбов, ставший местом его постоянного пребывания и местом же мученической кончины.

Когда в 1157 году умер его отец, Юрий Долгорукий, князь Андрей принял на себя титул князя Ростовского и Суздальского, но остался во Владимире, сохранив за собой и владимирское княжение.

В 1158–1160 годах был построен Успенский собор во Владимире, в который помещена Владимирская икона Божией Матери и который был признан лучшим из построенных князем Андреем, а всего тридцать храмов было создано им за годы его княжения. Богатство и благолепие храмов должно было, по замыслу князя, служить распространению православия среди окружающих народов и иноземных купцов. Он приказал всех приезжих, и латинян, и язычников, водить в воздвигнутые им церкви и соборы и показывать им «истинное христианство».

Оставаясь во всем верным сыном православной Церкви, блюстителем веры и канонов, Андрей Боголюбский в 1160 году обратился к константинопольскому патриарху Луке Хризовергу с просьбой об учреждении особой митрополии для подвластных ему княжеств Северо-Восточной Руси. С посланием князя в Византию отправился кандидат в митрополиты – суздальский архимандрит Феодор. Патриарх согласился посвятить Феодора, однако лишь в сан епископа Ростовского. В то же время, стремясь сохранить расположение князя Андрея, едва ли не самого могущественного среди русских князей, патриарх все же почтил Феодора правом ношения белого клобука, что было в Древней Руси отличительным признаком церковной автономии – известно, как дорожили своим белым клобуком архиепископы Великого Новгорода.