Березовский пообещал трудоустроить журналистов НТВ на свой телеканал ТВ-6, что вызвало протест его журналистов, заявивших в открытом письме своим коллегам с НТВ: «С нами сейчас делают то, что сделали с вами». Но журналисты НТВ не проявили понимания: Евгений Киселев возглавил ТВ-6, после чего канал покинули гендиректор с двумя заместителями. 50 сотрудников ТВ-6 отказались подчиняться Киселеву (в том числе из-за его личных и профессиональных качеств), после чего новости и ряд политических передач были отданы журналистам «гусинского» НТВ.

Информационная война против власти у Березовского не получилась: озлобленность либеральных журналистов и наглядно демонстрируемая противоположность их политических интересов интересам общества не дали каналу обрести вес. В конце сентября арбитражный суд по иску миноритарного акционера – пенсионного фонда «ЛУКОЙЛ-Гарант» – ликвидировал «ТВ-6 Москва».

2 октября 2001 года генпрокуратура вынесла постановление о принудительном приводе Березовского на допрос по «делу „Аэрофлота“», а 22 октября генпрокурор Устинов сообщил, что при появлении в России Березовский будет арестован.

В ноябре тот вступил в движение «Либеральная Россия» и был избран в ее политсовет (он пообещал помочь его лидеру Юшенкову создать демократическую оппозицию еще в мае), а 4 декабря в очередном открытом письме (которые к тому времени уже воспринимались лишь как признаки роста его неадекватности) призвал главу РАО «ЕЭС России» Чубайса, руководителя администрации президента Волошина и премьера Касьянова уйти в отставку и создать либеральную оппозицию В.В. Путину.

В начале 2002 года он был обвинен ФСБ в финансировании чеченских боевиков. После встречных обвинений в причастности спецслужб России к взрывам зданий в Москве и Волгодонске в 1999 году обвинения были конкретизированы и подтверждены свидетелями.

30 марта 2002 года Березовский стал одним из пяти сопредседателей партии «Либеральная Россия», 11 апреля опубликовал «Манифест российского либерализма», а 9 октября был исключен из партии за интервью газете «Завтра» с призывом к союзу с патриотами. (Реакция администрации президента на те же настроения общества, похоже, привела к созданию в 2003 году «политического спецназа Путина» – патриотической партии «Родина», прошедшей в Госдуму).

Собранные Березовским либеральные сектанты такого не могли простить, но быстрота реакции показывает: они и так собирались избавиться от него, – вероятно, из-за стремления навязывать им неадекватные и политически самоубийственные действия. В конце октября он нашел себе сторонников, которые пытались восстановить его руководство, и в 2003 году за участие на выборах боролись две партии «Либеральная Россия». В апреле лидер антиберезовской партии Юшенков был убит.

Березовский, по обыкновению, истерически отрицал причастность к убийству (и даже выиграл суд у предположившего это журнала Eurobusiness, заработав 17 тыс. долл. компенсации), но мотивы и доказательства были очевидными. Организатором убийства оказался руководитель «березовской» «Либеральной России» Коданев, который через некоторое время отбывания срока обвинил Березовского в нарушении обещания помогать его семье и заявил, что организовал убийство по его приказу. Но доказательств этого не нашлось.

В марте 2003 года Березовский заключил мировое соглашение с журналом Forbes, отказавшись от претензий по иску, поданному им еще в начале 1997 года по статье Хлебникова. Forbes признал отсутствие «свидетельств ответственности Березовского за убийство Листьева» и его роли как «руководителя мафии». Остальное содержание нелестной для Березовского статьи, как и вышедшая в 2000 году книга Хлебникова «Крестный отец Кремля, или история разграбления России», обвинявшая его в мошенничестве, отмывании денег, организации убийств, торговле заложниками, связях с чеченской мафией и боевиками остались не оспоренными. Тем не менее Березовский опубликовал нелепые рекламные объявления, оповещавшие, что он не убийца, в Financial Times, Guardian, Daily Mail и New York Times.