Испугавшись расследования и заявлений Е.М. Примакова о необходимости борьбы с криминалом, Березовский напряг все свои возможности – как по влиянию на «семью», так и по медийной дискредитации премьера. Он уже не осознавал, что из закулисного манипулятора сам превратился в простое орудие против Е.М. Примакова в руках тех, кого привык считать пешками своей гениальной игры.

Окружение Ельцина смертельно боялось пользовавшегося почти всеобщей поддержкой премьера. Когда делегация во главе с Ю.Д. Маслюковым договорилась с МВФ (благодаря титаническим усилиям прежде всего зампреда Центробанка Т.В. Парамоновой и Министра финансов М.М. Задорнова), дав Е.М. Примакову поддержку и России, и Запада, Ельцин уволил его как опасного конкурента. Березовский приписал эту победу себе, но решение было принято хотя и в соответствии с его мольбами, но без его участия.

После отставки Е.М. Примакова в едва оправившейся от дефолта стране начался политический кризис. Либеральные реформаторы бросились обратно во власть, – а Березовскому, так сильно ударившему по ним после «Связьинвеста», места уже не было.

Похоже, он принял участие в хаотичной грызне за выбор преемника уже не способного управлять страной Ельцина, сорвав освобождение генерала МВД Шпигуна, которое должно было состояться 12 июня 1999 года. Это ослабило позиции премьера Степашина, а Шпигун, в котором отпала надобность, был после долгих мытарств убит чеченскими бандитами.

Березовский начал подготовку к парламентским выборам 1999 года и к разрешению нараставшего политического кризиса усилением медиаресурсов.

Еще весной 1999 года он купил 37,5 % акций МНВК «ТВ-6 Москва», в создании которой участвовал после краха ГКЧП, доведя свою долю до 75 %. В июле 1999 года купил издательский дом «Коммерсантъ», выпускавший наиболее влиятельную тогда деловую газету и ряд эффективных еженедельников. Формально издательский дом принадлежал его учредителям-журналистам, но, похоже, к дефолту 1998 года попал под контроль владельца банка СБС-АГРО Смоленского, потерявшего в результате дефолта свой бизнес и влияние. (В 2004 году Фридман рассказал, что Березовский угрожал ему, когда он хотел дать кредит журналистам «Коммерсанта», хотевшим выкупить его; Березовский оспорил это заявление и отсудил в Лондоне 50 тыс. фунтов ущерба репутации и 1,5 млн. фунтов судебных издержек.)

К концу 1999 года медиа-группа Березовского, не оформленная официально, включала телеканалы ОРТ и ТВ-6, «Наше радио», «Независимую газету», «Новые известия», ИД «Коммерсантъ» (издававший, помимо газеты, журналы «Власть», «Деньги», «Домовой» и «Автопилот»), самостоятельный тогда журнал «Огонек», и малоизвестные газеты «Свежий номер» и «Московская комсомолка».

Перед выборами Березовский придумал и навязал «семье» Ельцина, перепуганной отсутствием перспективы и очевидной силой губернаторов, объединявшихся вокруг Лужкова и Е.М. Примакова в блок «Отечество – Вся Россия», идею создания новой «партии власти» – не идеологизированного, объединяющего авторитетных в стране людей предвыборного блока «Мужики». Итоговое название «Единство» впоследствии трансформировалось в «Единую Россию».

«Семья» и реформаторы были тогда полностью деморализованы и готовы за малые обещания сдать власть Лужкову, но Березовский, страдавший от гепатита и практически находясь в бреду, переломил ситуацию.

Его пути вновь разошлись с Гусинским, поддержавшим через НТВ Лужкова и Е.М. Примакова, считая губернаторов единственной реальной силой. Березовский же видел разрозненность, а главное – глубочайшую, вплоть до психологической, зависимость «губернаторской вольницы» от федерального центра и ее готовность подчиниться любым, сколь угодно слабым, но демонстрирующим уверенность его представителям. Поэтому Березовский приложил много сил для формирования «Единства», а главное – превратил ОРТ в инструмент информационной войны против Лужкова и Е.М. Примакова. Фраза одного из его «телекиллеров» того времени «Казалось бы, при чем здесь Лужков?» обогатила русский язык, а Е.М. Примакова довели до того, он в прямом эфире позвонил, чтобы пожаловаться на информационный беспредел и выплеснуть свои чувства, в аналитическую программу поддерживающей его НТВ.