Выслушав отчет инженера и зная настроения своих воинов и горожан, магистр решил, что надо принять турецкие условия. В турецкий лагерь направили гонца. Султан подтвердил прежние условия. Рыцари и жители могли покинуть Родос вместе с тем имуществом, которое они могут унести и погрузить на корабли, в том числе и со всеми накопленными орденом сокровищами. Тем, кто решил остаться, гарантировалось сохранение их домов и имущества, религиозная свобода и освобождение от уплаты налогов в течение пяти лет.

После горячих дебатов большинство созванного магистром совета согласилось, что «для Бога было бы угодно просить о мире и сохранить жизни простых людей, женщин и детей». Великий магистр призывал сражаться до конца, утверждая, что вот-вот подоспеет помощь. Но гарнизон больше не мог сражаться и угрожал бунтом. Рыцари и наемные воины не желали больше терпеть лишений.

20 декабря был произведен обмен пленными; турки покинули захваченный в городе плацдарм и отвели войска на полтора километра от стен.

Капитуляция иоаннитов была подписана на Рождество после 145-дневной осады. Султан подтвердил свои обещания, да еще и предоставил свои корабли для эвакуации. Сулейман еще раз разъяснил, что церкви не будут превращены в мечети и никто не будет насильно обращать родосцев в ислам или отбирать у них детей. Те, кто захочет оставить остров, сохранят свое оружие и имущество.

Султан честно соблюдал выдвинутые им условия, которые были нарушены лишь однажды без его ведома. Отряд янычар вышел из повиновения и совершил несколько убийств и грабежей, прежде чем порядок был восстановлен.

А когда невооруженные янычары, возмущенные запретом на грабежи, устроили у ворот беспорядки, Великий магистр под дождем в сопровождении одного спутника отправился в резиденцию султана просить его защитить родосцев от бесчинств.

Сулейман послал янычар из своей личной охраны прекратить беспорядки. Он также распорядился восстановить некоторые здания, разрушенные в ходе боев. Затем султан нанес ответный визит магистру. Сулейман полагался лишь на слово Великого магистра, гарантировавшего безопасность султана, и пришел без охраны.

Правда, для гарантий безопасности был произведен обмен заложниками, и посланный султаном отряд янычар вошел в крепость.

1 января 1523 года Великий магистр Филипп Виллье де Лиль Адам вышел из ворот крепости с оставшимися в живых рыцарями и солдатами. Они несли развевающиеся знамена. У Крита корабли рыцарей попали в жестокий шторм, и один корабль погиб. Но Великий магистр с большинством изгнанников все же добрались до Крита, потом до Сицилии и в конце концов прибыли в Рим. Целых пять лет у рыцарей не было пристанища, пока римский папа не разрешил им поселиться на Мальте, где они на средства, вывезенные с Родоса, возвели еще более мощную крепость.

Когда рыцари благополучно добрались до Крита, они обнаружили, что венецианский флот и не думал выходить в море. Венеция собиралась действовать лишь в случае, если со стороны турок возникнет угроза Кипру. В Риме собралось две тысячи добровольцев, готовых идти на помощь Родосу, но им не дали судов.

По утверждениям самих рыцарей, турки потеряли во время осады Родосской крепости свыше 60 тысяч человек убитыми и умершими. Турецких данных по поводу потерь вообще нет. Основные потери были от болезней, а не от пуль, стрел и ядер обороняющихся. Осада Родоса знаменательна тем, что здесь впервые были использованы при бомбардировках разрывные бомбы, что, впрочем, никак не способствовало взятию крепости, которая пала от голода и истощения боеприпасов, а не от приступов.