8 сентября 1802 года Медицинская коллегия была передана в Министерство внутренних дел. 31 декабря 1803 года ее упразднили (соответствующий указ опубликован в феврале 1804 г.). Часть ее функций перешла в ведение Департамента внутренних дел одноименного министерства, под именем III экспедиции (государственной медицинской управы). «Для усовершенствования медицинской части и прочих предметов, с сим сопряженных» при Департаменте учрежден Медицинский совет (МС).

В соответствии с докладом министра внутренних дел 4 августа 1805 года были введены должности генерал-штаб-докторов и генерал-штаб-лекарей по армии и флоту с возложением главного медицинского управления на соответствующих министров. В армии и флоте учреждены собственные медицинские структуры, независимые от врачебных управ. 9 сентября 1805 года руководить гражданской частью медицинского управления было поручено генерал-штаб-доктору по гражданской части – лейб-медику Крейтону. 26 августа 1813 года ему было предоставлено право определять уездных врачей непосредственно на места их службы, но с уведомлением начальника губернии. С военным губернатором напрямую он сноситься не имел права: только через гражданского губернатора.

Проведенным МВД в начале 1800-х годов сопоставлением подписей на рецептах, выявленных в аптеках, с перечнем зарегистрированных врачей, оказалось, что число последних оказалось раз в пять-шесть меньше числа авторов рецептов. Кроме того, в рецептах значились, как правило, только фамилии врачей, зачастую сходные или одинаковые. Около 200 фамилий вообще не было ни в одном официальном документе. В Москве не только не экзаменованные врачи, но даже «господские люди» занимались врачебной практикой. Часть таких лиц была «эмпириками», но едва ли меньшая – шарлатанами. В губерниях дела обстояли еще хуже. Для исправления сложившегося положения 20 июня 1807 года по докладу министра внутренних дел был основан Российский медицинский список. Главным его назначением стал учет всех практикующих врачей, включая ветеринарных. Отныне фармацевтам запрещалось готовить лекарства по рецептам лиц, не включенных в Список. Вышедший впервые в 1809 году, год от года совершенствуясь, он просуществовал вплоть до 1917 года и по сей день остается важнейшим источником сведений о врачах, дантистах, фармацевтах, практиковавших в России в течение более 100 лет.

Титульный лист «Инструкций и Артикулов военных» 1714 г. – первого законодательного акта, регламентировавшего судебно-медицинскую деятельность

27 июня 1808 года Министерству внутренних дел было разрешено приглашать отставных и вольнопрактикующих в России врачей на должности уездных врачей с выплатой тем, кто обяжется прослужить не менее пяти лет, годового жалованья «не в зачет».

29 декабря 1809 года Сенат перечислил поводы к судебно-медицинскому вскрытию трупа в такой трактовке:

1 под присягой – только в случаях, прямо перечисленных в «Артикулах» («коль скоро кто умрет, который в драке был…», см. выше);

2) без присяги – в случаях, когда результаты наружного осмотра дают основание заподозрить насильственную смерть, но окончательно решить эту проблему без вскрытия невозможно.

Вскрытия трупов с бесспорной, с точки зрения результатов полицейского дознания и наружного осмотра, причиной смерти («застреленных, зарезанных, утопших, замерзших и прочее»), приказано допускать только при наличии у соответствующих властей подозрения на убийство, и только под присягой. Таким образом, проведено четкое разделение судебно-медицинских вскрытий на экспертные и неэкспертные. В отношении вскрытий гнилостно измененных трупов Сенат сослался на формулировку упомянутого выше доклада от 19 января 1797 года.