Постепенно стало формироваться убеждение, что одно наружное исследование трупа, даже при вроде бы очевидной причине смерти, не способно дать ответы на многие вопросы. Циркуляр МД МВД от 24 июня 1869 года № 5762 прямо запретил врачам подписывать полицейские акты на погребение без вскрытия трупа.

Снабжение инструментами уездных врачей было централизованным, через Особое делопроизводство Медицинского департамента. Закон, обязывая городовых врачей производить осмотр и вскрытие мертвых тел, иметь и содержать в исправности анатомические инструменты, не определял, каким образом последние должны поступать к городовым врачам и на чей счет относить расходы на их приобретение. Земские управы, в ведении которых находились городские больницы, отказывали городовым врачам и фельдшерам в инструментах, необходимых при судебно-медицинских вскрытиях. Отсюда проистекала другая проблема: где городовому врачу взять фельдшера для помощи при вскрытии. МД считал, что с подобными вопросами следует обращаться к губернатору, который в свою очередь снесется с губернской и городской земскими управами. В итоге управы, например, Владимирской губернии 5 декабря 1870 года постановили городовым врачам ни фельдшеров, ни инструментов не давать, поскольку первые отвлекаются от прямых обязанностей, а вторые портятся из-за небрежного обращения. Причиной «зависшей» проблемы являлось то, что губернатор не имел права расходовать деньги по своему усмотрению даже для пользы дела в очевидных случаях (это было бы превышением власти), а необходимый источник финансирования в законе и, следовательно, в смете местных органов управления отсутствовал. Только 24 июня 1877 года МД разослал разъяснение, что должности лекарских учеников, фельдшеров и городовых врачей учреждаются МВД лишь при том условии, чтобы это не влекло расходов из казны. Поэтому в помощь городовым врачам могут быть определены особые лекарские ученики с правами службы, на содержании городского управления. То же – ив отношении инструментов. Иными словами, эти проблемы должны были решаться органами местных общественных управлений.

Согласно распоряжению министра юстиции, судебно-медицинские дела вносились в МС директором МД. На этом департаменте лежала подготовка таких дел к слушанию.

28 апреля 1897 года ветеринарная часть в губерниях и областях, подчиненная в порядке управления МВД, была выделена из ведения врачебных отделений губернских (областных) правлений.

Для оплаты «прогонных» уездных врачей отпускалось до 75 руб. в год. Первоначально эта сумма авансировалась врачам, которые должны были затем представлять в казначейство отчетные документы. В 1870 году посчитали более удобным отпускать деньги местным полицейским управлениям, которые и должны были выдавать прогонные, получать от врачей отчетные документы и переправлять их в казначейство. В таком виде система просуществовала вплоть до 1917 года. Однако если и в середине XIX века 75 рублей в год могли, хотя и с трудом, покрыть стоимость найма лошадей (иногда приходилось преодолевать многие десятки верст за одну поездку), то с годами такая сумма стала совершенно недостаточной.

Иногда судебные следователи и чины полиции, направляясь из уездного города на осмотр, могли усадить врача в свой экипаж. Но еще охотнее они привлекали любого ближайшего к месту назначения врача. Этим, кстати, объясняется частое использование непрофессиональных экспертов – земских или иных негосударственных врачей, которых удобно было «прихватить» по дороге или на месте. К тому же время от времени из-за скверного состояния дорог экипажи опрокидывались, и ездоки получали разнообразные травмы.