Конечно, данные разведки не могли быть точными, на их восприятие сильно влияли личные симпатии или антипатии людей из окружения стареющего диктатора (в том числе фанатичных буддистов – врагов христианства, таких как лечащий врач Хидэёси Сякуин Дзэнсо или знаменитый полководец Като Киёмаса), и, вероятнее всего, испанские угрозы были блефом. Япония тех лет – не Филиппины, не Мексика и не Перу, и крайне сложно представить себе какого-нибудь нового Кортеса или Писарро во главе нескольких сотен или даже нескольких тысяч солдат (а больше Испания, занятая постоянными войнами в Европе, не могла бы выделить для гипотетической рискованной дальневосточной экспедиции), завоевывающего страну с населением большим, чем население самой Испании, на защиту которой могли встать сотни тысяч воинов-самураев, знакомых со всеми основными европейскими военными новинками. Однако Хидэёси не мог знать этого наверняка и решил перестраховаться. В конце концов, его сильно разозлил и донос, в котором сообщалось о пьяном португальском моряке, кричавшем с борта корабля об адских муках, ожидающих Хидэёси (уже серьезно болевшего) после смерти, если он не сделает христианство единственной религией в Японии.

Как бы то ни было, Хидэёси в начале января 1597 года в бешенстве приказал запретить исповедание христианства в стране, а также под страхом смерти изгнать миссионеров и прекратить всяческую деятельность иностранных миссий в Японии.

Церкви подлежали уничтожению повсеместно, даймё под страхом казни запрещалось укрывать священников – на сей раз, в отличие от событий десятилетней давности, поблажек не планировалось. В том, что правитель намерен образцово покарать непокорных его воле, вскоре убедились как проповедники, так и жители городов и сел Японии, в том числе главного оплота католицизма – Нагасаки. Даймё-буддисты, дождавшиеся реванша, с радостью разрушали христианские храмы, в том числе в Киото (хотя падре Органтино – единственному – позволили легально остаться в стране), некоторые даймё-христиане начали отрекаться от своей веры или заколебались, их подданным запретили креститься. Репрессивная машина заработала на полную мощность. Было казнено около 80 миссионеров (около половины всех, находившихсях в стране в то время) и немалое число новообращенных японцев. Венцом отвратительной серии доносов, сведения счетов и запугиваний стала печально известная жестокая казнь шести испанских францисканцев, трех португальских иезуитов и 17 японских католиков, схваченных в Киото. Их зверски изуродовали и провезли для устрашения далеко на юг, через города Осака, Хёго, Окаяма и Симоносэки, подвергая пыткам и издевательствам, до Нагасаки, где они были распяты на крестах 5 февраля 1597 года на одной из площадей города. Нагасаки был избран местом показательной расправы именно потому, что воспринимался многими как настоящее «гнездо христианства». Впервые крест – давно известный в Японии символ – стал орудием казни, которым он был на Западе. По легендам, ходившим в среде новообращенных японцев, казненных запрещалось хоронить в течение 80 дней, но все это время тела не разлагались и «походили на спящих ангелов». Впоследствии площадь в Нагасаки, где были казнены 26 христиан, обросла легендами о чудесах, стала местом тайного паломничества японских христиан. Здесь в промежутке между гонениями в начале XVII века даже был сооружен памятный крест, обсаженный деревьями. Сегодня на этом месте находится один из парков многострадального города, ставшего мишенью атомного оружия.