В Шлиссельбурге сначала содержали его очень строго, но впоследствии императрица дозволила ему прогуливаться внутри крепости. Там Новиков содержался до вступления на престол Павла I. О судьбе Новикова в Москве ходили разные тайные слухи. Так, в дневнике А. Т. Болотова находим под числом 12 января 1796 года:

«Славного Новикова и дом, и все имение, и книги продаются в Москве из магистрата, с аукциона – и типография, и книги, и все. Особливое нечто значило. По-видимому, справедлив тот слух, что его нет уже в живых, – сего восстановителя литературы».

После Новикова университетская типография поступила на откуп к известному в свое время архитектору, ученику и помощнику Баженова – Василию Ивановичу Окорокову с его родственником Цветушкиным. В это время типография и книжная и газетная лавка перемещены были от Воскресенских ворот на Тверскую, в дом бывшей межевой канцелярии, который впоследствии был пожалован Екатериною II Московскому университету.

С этого времени и Вражский Успенский переулок, идущий с Тверской на Никитскую улицу, стал называться Газетным, потому что в нем была первая газетная лавка, где подписчикам раздавались московские газеты. Впоследствии там, где была книжная лавка, существовала церковь университетского благородного пансиона.

По возвращении из Шлиссельбурга Новиков по зимам жил в Москве, а летом в селе Авдотьине; приехал он из ссылки дряхлым стариком, в разодранном тулупе. Московские старожилы, жившие еще в пятидесятых годах, хорошо помнили старика Новикова, ходившего с палкой, в гороховом широком сюртуке, черном бархатном жилете и белом галстухе. Черные волосы его, уже тогда редкие на лбу и на висках, зачесанные назад, открывали красивый его лоб, брови его дугою, орлиный нос; нижняя часть лица выражала кротость и добродушие.

Вот как описала наружность Новикова княгиня Е. Р. Дашкова в письме к Ив. В. Лопухину: «Мне он тотчас же бросился в глаза, и я бы тотчас его узнала, без всех ваших рекомендаций, по одному его черному пасторскому кафтану, по его башмакам с черными, особенно глянцевитыми пряжками. Лицо его открыто; но не знаю, я как-то боюсь его; в его прекрасном лице есть что-то тайное».

Всегдашним спутником Новикова в прогулках по улицам Москвы был его душевный друг, тоже масон, бывший правитель канцелярии главнокомандующего в Москве графа Чернышева С. И. Гамалея; последний был небольшого роста, имел высокий лоб, маленькие глаза с нависшими бровями; в обществе был молчалив, отчего казался суровым, но у себя в кабинете был очень ласков и словоохотлив, говорил очень убедительно и с одушевлением.

Вышедши в отставку, он не имел ничего и потому был приглашен Новиковым жить у него в деревне, где к окошку его комнаты приходило множество нищих, и он всегда сам выходил на крыльцо, разговаривал с ними и раздавал медные деньги. Гамалея получал пенсии сто рублей в год; в службе он был бескорыстен, и никогда никто не смел ничего предложить ему в знак благодарности. Рассказывают, что один богатый московский купец, будучи чем-то ему обязан, хотел угостить его обедом, и, узнав, что он любит рыбный стол, достав лучшую и редкую рыбу, он позвал своих знакомых и пригласил Гамалея; последний принял его приглашение только с условием, чтобы весь стол был приготовлен из любимой его рыбы, самой дешевой плотвы.

Купец понял намерение честного Гамалея, отказал своим гостям и должен был с ним вдвоем есть плотву, которой, может, и вкусу до того времени не знал.

Сам Новиков был такой же глубоко религиозный и чисто нравственный человек, как и друг его; про него выразился митрополит Платон: «Дай Бог, чтобы во всем мире были христиане таковые, как Новиков». Новиков обладал огромными талантами, образованием и благороднейшим характером; он был главою кружка московских масонов; лучшие люди его времени, как, например, граф Чернышев, Лопухин, Репнин, Тургенев, митрополиты Платон, Михаил (Десницкой) и Серафим (Глаголевской), считали его своим другом.