При этом И.В. Сталин внешне фактически отстранился от решения вопроса по судьбе Черноморского флота. Он отказался выезжать в Новороссийск для организации затопления флота. За это его впоследствии критиковал один их эмиссаров центра в Новороссийске Ф.Ф. Раскольников: «Сталин был не в курсе нашего решения по Черноморскому флоту…»

Отказавшись от личного участия в судьбе Черноморского флота, Сталин переложил эту задачу на следовавшего тогда через Царицын наркома А.Г. Шляпникова, назначенного руководителем продовольственного дела на Юге. Видимо, немалую роль в этом решении сыграло то, что И.В. Сталин лучше А.Г. Шляпникова представлял, как техническую, так и нравственную сложность выполнения приказа Москвы. Однако И Шляпников также доехал только до Екатеринодара, отказавшись ехать в Новороссийск. Туда отправился лишь верный троцкист Ф.Ф. Раскольников.

Между тем в телеграммах И.В. Сталину нарастала и обеспокоенность Москвы по последствиям Таганрогского десанта. В них говорилось о необходимости строгого соблюдения Брестского договора, о затоплении флота без малейшего промедления кораблей Черноморского флота и о категорическом недопущении нападений на занятые немцами территории. Так, Г.В. Чичерин телеграфировал И.В. Сталину о том, что «в центре всей дипломатической акции Германии относительно нас стоит вопрос о флоте… Обещание нами дано. Неисполнение было бы крахом всей нашей политики». Сталин с Орджоникидзе, связавшись со штабом войск Кубано-Черноморской республики и их главнокомандующим К.И. Калниным, заверили Москву, что «налаживающееся перемирие не будет сорвано (армией), также, как и флотом». В данном случае Сталин откровенно тянул время. По-видимому, Сталин не желал быть палачом Черноморского флота, рассчитывая, что флот удастся спасти, затягивая время на переговоры с немцами.

Но 11 июня немцы, предъявив ультиматум о возвращении Черноморского флота в Севастополь до 14 июня, а также о затоплении Азовской флотилии, начали высадку своего десанта на Таманский полуостров в готовности в любой момент прорваться к Новороссийску.

18 июня 1918 года В.И. Ленин подписал секретную директиву: «Ввиду безвыходности положения, доказанной высшими военными авторитетами, флот уничтожить немедленно. Председатель СНК В. Ульянов (Ленин)».

В отправленной вдогонку второй телеграмме он писал: «Ввиду явных намерений Германии захватить суда Черноморского флота, находящиеся в Новороссийске, и невозможности обеспечить Новороссийск с сухого пути или перевода в другой порт, Совет Народных Комиссаров, по представлению Высшего военного Совета, приказывает вам с получением сего уничтожить все суда Черноморского флота и коммерческие пароходы, находящиеся в Новороссийске. Ленин».

После получения приказа об уничтожении флота, на стоящих в Новороссийске кораблях начались разногласия, в результате чего часть кораблей ушла сдаваться немцам в Севастополь, а остальные были затоплены в Цемесской бухте.

Поведение Сталина в вопросе уничтожения Черноморского флота, можно объяснить его искреннем желанием сохранить корабли, так и нежеланием связывать свое имя с таким позорным делом, как уничтожение собственного флота.

После возвращения в Москву, в марте 1919 года И.В. Сталин был утвержден членом Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б), а также стал наркомом Государственного контроля.

17 мая ЦК партии, в связи с наступлением Юденича и угрозой Петрограду, направил Сталина на Петроградский фронт в качестве чрезвычайного уполномоченного.

Прибыв в Петроград И.В. Сталин провел совещание с Главкомом, командующим Западным фронтом, командующим 7-й армией и командованием Балтийским флотом о положении на фронте. В этот же день началась мобилизация. За двадцать дней на мобилизационные пункты явилось 24 тысячи человек. Среди них было немало бывших матросов.