В 1946 году, на мартовском пленуме ЦК, Косыгина выбирают кандидатом в члены Политбюро ЦК ВКП(б). Этот ход Сталина резко повышал статус Косыгина среди других хозяйственных руководителей, не снискавших подобной чести. Говорили, что Сталин приблизил к себе молодого «любимчика»; в 1948 году Косыгина принимают в Политбюро. Перед этим, летом 1947 года, генсек и генералиссимус оказал Косыгину и высшую честь – пригласил в собственную резиденцию в Ливадии и на морскую прогулку. Чета Косыгиных и Сталин, в окружении детишек, провели несколько часов за дружеской беседой, во время которой вождь очаровывал своего любимого сотрудника откровенностью и хлебосольством. Сталин рассказывал о побеге из Туруханской ссылки, рассуждал о семейной жизни, говорил, например, что «грузинские женщины грубоваты на вид, но они умеют быть верными женами». Косыгины тоже вспоминали о молодых годах, о Сибири и Ленинграде. Узнав, что жена Косыгина работала в Кронштадте, в корабельных мастерских, Сталин улыбнулся: «Значит, вы, Клавдия Андреевна, морячка?». Под этим предлогом женщину взяли на борт крейсера «Молотов».

В газетах вышла фотография: Сталин, Косыгин и адмирал Октябрьский на «Молотове». Это был знак сталинской милости.

В А.Н. Косыгине видят сталинского фаворита, будущего премьера.

После войны Косыгин сохраняет пост заместителя Председателя советского правительства, теперь называемого Советом министров СССР, кроме того, в 1948 году он возглавляет Министерство финансов, в 1948—1953 годы – Министерство легкой промышленности, затем, уже после смерти Сталина, Косыгин получит портфель министра промышленных товаров широкого потребления.

Но государева милость – явление переменчивое. В те же послевоенные годы над головой Косыгина прогремела гроза: печально знаменитое ленинградское дело могло до срока завершить его служение Советской России. Кто был заинтересован в устранении ленинградцев? Прежде всего – тройка влиятельных политиков – тогдашних союзников, видевших себя преемниками Сталина: Маленков, Берия, Хрущев. Расстрелян Вознесенский. Расстрелян видный ленинградский руководитель А.А. Кузнецов, родственник Алексея Николаевича. Клавдия Андреевна Кривошеина была двоюродной сестрой Зинаиды Дмитриевны Воиновой. В замужестве первая стала Косыгиной, вторая – Кузнецовой. На допросах следователи получили показания против Косыгина; Алексею Николаевичу приходится защищаться. Проверяли каждый шаг Косыгина с 1937 года вплоть до ограблений Гохрана в бытность Косыгина министром финансов. Косыгин возглавлял РСФСР, его вполне могли обвинить в намерениях создать российскую компартию – вместе с земляком Вознесенским. Маленков подготовил постановление «Об антипартийной группе Кузнецова, Попкова. Родионова и других», в которой Косыгин обвинялся в неправильном поведении, в отсутствии бдительности. Но Сталин, за войну особенно высоко оценивший способности Косыгина, разрядил обстановку знаменитым «царским» обращением, как бы между прочим брошенным Косыгину: «Работай, Косыга, работай! Ты еще поработаешь». Царедворцы трактовали эту фразу как охранную грамоту: Косыгина Сталин пощадит. Хрущев не без зависти вспоминал, как Сталин порой признавался, что видит в Косыгине «нашего будущего премьера». Косыгин уцелел – пожалуй, единственный из высокопоставленных ленинградцев. И все-таки ленинградское дело не прошло для Косыгина бесследно, да и не могло пройти. В 1952 году Политбюро (Президиум) значительно расширяют, но в его составе не находится места для Косыгина… Статус Алексея Николаевича понижают, его снова избирают лишь кандидатом в члены Президиума.