Несколько лет спустя между справщиками (редакторами Печатного двора) возник конфликт при подготовке иного издания. Двумя персонами, вовлеченными в него, стали уже упомянутый Логгин и настоятель Троице-Сергиевой обители преподобный Дионисий (Зобниновский). В 1612 году игумену Дионисию была поручена справа Требника («Потребника»), однако, как пишет протоиерей Георгий Крылов, «…итоговые тексты и сами принципы справы не были приняты соотечественниками, и коллектив справщиков осудили „за ересь“ и наказали. Одним из главных обличителей „ереси“ стал авторитетный уставщик Логгин, который мог испытывать личную неприязнь к игумену. Конфликт можно интерпретировать как столкновение „консервативной“ и „модернистской“ концепций. Логгин опирался на опыт благоговения и авторитет древности (правда, не во всем) и представлял консервативную позицию. Преподобный Дионисий был прогречески настроенным „модернистом“, о чем говорит сформированное им богословие справы. Принципы справы преподобного Дионисия, во-первых, не изучены, а во-вторых, во многом тенденциозно и неверно освещены в курсах по истории… Исследования показывают, что систематической сверки с греческими источниками справщиками не производилось, почти вся справа основывалась не на греческом оригинале, а на сторонних богословских выкладках, с современной точки зрения весьма примитивных. Новым было мировоззрение справщиков, определявшееся непривычным сверхкритичным отношением к сакральному тексту, над которым ставился научный критерий проверки его правильности (подобное отношение будет характерно для Нового времени). Именно с этим подходом никак не могли согласиться „консерваторы“. Осуждение лаврского игумена показывает меру средневекового благоговения по отношению к сакральному слову». Однако позднее дело игумена Дионисия было пересмотрено. К тому времени Логгин уже покоился в земле, и пострадало его творение – Устав 1610 года[28].

Другой специалист по истории раннепечатной книги в России, Ж. Н. Иванова, объясняет печальную судьбу этого грандиозного творения патриарха Гермогена, Логгина Коровы и Анисима Радишевского следующим образом: «В связи с тем, что у составителей Устава 1610 г. не было определенного плана, они собрали статьи славянского и русского происхождения из многих списков XVI–XVII вв. Этим самым они довели Устав до необычной полноты. Можно предположить, что это и явилось главной причиной, побудившей патриарха Филарета в 1633 г. приступить к печатанию нового Устава. В последующих изданиях количество статей постепенно было сокращено»[29]. Филарет приказал переиздать книгу по строгому плану, более кратко и с тщательным отбором статей. Вот основная разница между этими двумя изданиями. В Смуту работники Печатного двора выезжали из Москвы, но затем, около 1614 года, возобновили работу в столице. Каменные палаты типографии располагались в Китай-городе, в районе современной Никольской улицы. Для управления ею было организовано особое государственное учреждение – Приказ книгопечатного дела.

В знаменитом «Сказании известном о воображении книг печатного дела» трагическая и славная история гибели русского книгопечатания с его последующим возрождением рассказана подробно: «В тот же 7119 [1610/1611] год злые… супостаты литва и поляки с русскими изменниками вселились и в самый царствующий город Москву и хотели завладеть всей Русской землей… Проникли же они в город обманом и хитростью, путем измены и предательства всей земли, а не войною и не борьбою. И удерживали [Москву] год с половиной. И то доброе дело – печатный дом и все орудия того печатного дела разорены были теми врагами и супостатами и сожжены огнем и погибли вконец, и ничего не уцелело от этих орудий. А сведущих в том людей мало осталось, и те разбежались в иные русские города от насилия и угнетения тех неверных и злых людей и супостатов». Далее «Сказание» упоминает «Никиту Федорова сына по прозвищу Фофанов», обосновавшегося в Нижнем Новгороде и создавшего там типографию.