Став временным главой этих ведомств, Лорис-Меликов для установления единства действий жандармских и полицейских органов в Санкт-Петербурге в конце марта 1880 г. предложил вывести из ведения Третьего отделения «Секретное отделение по охране общественного порядка и спокойствия» и поручить его ведению столичного градоначальника, правами которого он обладал по указу от 12 февраля. За Третьим отделением временно сохранялась организация агентурного наблюдения «в различных слоях общества для уяснения общего политического настроения». Следующим шагом «диктатора сердца» стало установление четкой координации действий местных органов власти с губернскими жандармскими управлениями. Осуществив эти первоочередные меры, Лорис-Меликов начинает намечать подходы к решению других неотложных задач общероссийского масштаба. На мартовских заседаниях Верховной распорядительной комиссии он предлагает объединить действия всех административных и судебных органов, «призванных к обнаружению и преследованию преступных замыслов и действий». Усматривая трудности в борьбе с революционным терроризмом в «крайней медленности производства дознаний и дел о государственных преступлениях», он считал необходимым в кратчайшее время упорядочить вопросы об административной ссылке и организации гласного и негласного полицейского надзора. Поскольку революционное подполье в России было тесно связано с революционной эмиграцией, осевшей в других странах, Лорис-Меликов предпринял ряд мер по усилению политического сыска и за границей.

По поручению Лорис-Меликова летом 1880 г. член Верховной распорядительной комиссии сенатор И.И. Шамшин провел тщательную ревизию деятельности Третьего отделения. Это было первое (и единственное) независимое расследование за всю историю этой могущественной спецслужбы. Итоги оказались на редкость неутешительными. И.И. Шамшин изучил около 1500 дел преимущественно о лицах, высланных за политическую неблагонадежность. Результатом этого труда было освобождение очень многих невинных людей. По словам Шамшина, дела велись крайне небрежно. Хранились следственные дела в чрезвычайном беспорядке, часто отсутствовали в них весьма важные документы, на которых было основано обвинение. Были вскрыты также крупные финансовые упущения. Значительная часть денежных средств, выделенных на борьбу с революционным подпольем, была выплачена «агентам, наблюдавшим преимущественно за высокопоставленными лицами...». Неудивительно, что при подобной организации работы Третье отделение часто не выполняло своей основной задачи. Доклад Шамшина укрепил зревшую у Лорис-Меликова решимость в первую очередь в пропагандистских целях ликвидировать Третье отделение, превратившееся в глазах общества в самое непопулярное, жестокое и неразборчивое в средствах учреждение.

Еще до начала ревизии Лорис-Меликов 11 апреля 1880 г. представил Александру II всеподданнейший доклад, в котором сформулировал программу дальнейших действий Верховной распорядительной комиссии. В докладе указывалось, что для вывода страны из кризиса необходимы реформы, касающиеся различных сторон общественной жизни Российской империи. Ключевую роль в их проведении «диктатор сердца» отводил самому себе. В области «охранения государственного порядка и общественного спокойствия», т.е. сфере своей прямой компетенции, Лорис-Меликов предлагал царю «идти твердо и решительно в деле преследования злоумышленников, но не смешивать с ними людей, виновных лишь в проступках, не имеющих прямого отношения к социально-революционным проявлениям», т.е. сузить сферу необходимых репрессий. «Либеральный диктатор» специально подчеркивал, что необходимо «стремиться к возвращению от чрезвычайных мер к законному течению дела», и перечислял конкретные меры по нормализации общественных отношений. В этой связи в докладе говорилось о пересмотре паспортной системы, облегчении крестьянских переселений, преобразовании губернских административных учреждений, установлении отношений нанимателей к рабочим и т.п. То есть Лорис-Меликов предлагал сочетать ограниченные репрессии с назревшими преобразованиями в либеральном направлении.