В развернувшемся после смерти Анны Иоанновны в 1740 г. очередном туре борьбы в верхах за власть руководитель политического сыска сознательно не принял никакого участия, довольствуясь, по словам историка, «ролью беспринципного исполнителя воли любого лица, в чьих руках на данный момент оказывалась власть». Беспощадно расправившись при прежней императрице с противниками Бирона, Ушаков затем вел следствие над этим некогда всесильным временщиком, после того как его свергли фельдмаршал Миних и вице-канцлер Остерман. Когда же вскоре свергли их самих, то оба они также попали на допрос к руководителю Канцелярии тайных розыскных дел. Благодаря подобному конформизму и рабской преданности любому власть предержащему, А.И. Ушаков сохранил свой пост и при Елизавете Петровне, воцарившейся на русском престоле с 1741 г. Дочь Петра Великого оставила в полной неприкосновенности орган политического сыска, который при ней расправился со сторонниками свергнутой Брауншвейгской династии, руководителем башкирского восстания 1755 г. Батыршем и вел целый ряд других процессов по «слову и делу». Эта сфера государственной деятельности не была обделена вниманием новой правительницы, и, несмотря на отмечаемую современниками ее склонность к лени, Елизавета периодически заслушивала доклады Ушакова, а когда тот состарился, отправила ему в помощь брата своего фаворита Л.И. Шувалова, который в конечном итоге и сменил Ушакова на его посту. На момент восшествия новой императрицы на престол в 1741 г. штат Канцелярии тайных розыскных дел состоял из 14 подчиненных Ушакова: секретаря Николая Хрущева, четырех канцеляристов, пяти подканцеляристов, трех копиистов и одного «заплечных дел мастера» – Федора Пушникова. Еще 14 сотрудников насчитывалось в московской конторе. Объем их работы постоянно расширялся. Подсчет сохранившихся в архивах к началу XIX в. дел этого ведомства показывает, что от эпохи бироновщины осталось 1450 дел, а от времени царствования Елизаветы Петровны – 6692 дела. Помимо политических дел о «первых двух пунктах», этот орган государственной безопасности рассматривал также дела о взяточничестве и злоупотреблениях властей на местах, придворных интригах и ссорах. Выполняла Канцелярия тайных розыскных дел и контрразведывательную функцию. «В частности, – пишет историк, – в 1756 году императрица Елизавета Петровна поручила ей (Канцелярии. — Прим. авт.) расследовать дело о подозреваемом в шпионаже французском миссионере Валькруассане и бароне Будберге. В 1761 г. сюда было передано дело по подозрению саксонского уроженца генерала русской службы Тотлебена в сношениях с пруссаками. В январе 1762 г. здесь велось большое дело о шпионаже в русских войсках в Пруссии».

В 1754 г. порядок проведения розыска в Канцелярии был регламентирован специальной инструкцией «Обряде како обвиняемый пытается», утвержденной лично императрицей. Если подозреваемый на допросе и очной ставке с доносчиком сразу не признавал за собой вины, то для выбивания из него правдивых показаний в первую очередь применяли дыбу и кнут. Дыба представляла собой два вертикально вкопанных столба с перекладиной наверху. Палач связывал длинной веревкой руки допрашиваемого за спиной, второй конец перекидывал через перекладину и тянул за него. Связанные руки выходили из суставов, и человек повисал на дыбе. После этого жертве наносили 10–15 ударов кнутом. Работавшие в застенках палачи были «настоящими мастерами кнутобойного ремесла»: «Они могли класть удар к удару ровно, как бы размеряя их циркулем или линейкой. Сила ударов такова, что каждый пробивает кожу и кровь льется ручьем; кожа отставала кусками вместе с мясом».