Вскоре после назначения руководителем государственной безопасности Шувалов представляет царю записку с анализом положения дел в империи и предложением мер по выходу из кризиса. Такие меры он видит в необходимости «восстановить власть, преобразовать полицию, изменить направление Министерства народного просвещения и поддержать органы землевладения, а следовательно, и дворянство». Главная цель преобразований, по его мнению, заключалась в создании «по мере возможности» политических полиций «там, где они не существуют», и в сосредоточении «существующей полиции в Третьем отделении». «Революционная зараза», распространяющаяся из высших учебных заведений, утверждал шеф жандармов, «скрывается главнейше в политических и нравственных убеждениях тех личностей, в руках которых (находится) воспитание молодого поколения», и поэтому «личный состав как преподавателей, так и учебного начальства должен быть... значительно изменен». Такая мера представлялась ему столь насущной, что, как он писал в своей записке, «лучше на некоторое время приостановиться на пути просвещения, чем выпускать тот недоучившийся уродливый слой, который в настоящее время обратил на себя внимание правительства». А поскольку «правительство одно не будет в состоянии открыть повсеместную борьбу с вредными началами», то ему необходимо опираться на дворянство, которое «представляет собою лучшее орудие для противопоставления демократии... социализму и революционным стремлениям, как консервативный элемент», для чего требуется «поставить этот класс снова на ту ступень, которая подобает для поддержания равновесия государства». Записка Шувалова была обсуждена на первом же заседании Особой комиссии 28 апреля 1866 г., т. е. через две недели после его назначения на новый пост, и получила одобрение. В результате идеи шефа жандармов легли в основу нового правительственного курса, первым проявлением которого стал императорский рескрипт от 13 мая того же года, ознаменовавший начало перехода от реформ к реакции.

П.А. Шувалов не удовольствовался одним лишь «концептуальным изменением» курса правительства, а произвел целую «кадровую революцию», проталкивая всюду, куда было только можно, своих ставленников. Военный министр Д.А. Милютин так характеризовал положение: «Граф Шувалов брался за все, судил и рядил в делах всех ведомств; в совещаниях высказывался с самоуверенностью человека, имеющего за собой могущественную опору... Голос его получил преобладающее влияние в вопросах о личных назначениях на должности. Конечно, он воспользовался этим влиянием, чтобы выдвигать своих друзей и товарищей и чтобы занять сколь можно более видных мест людьми своей партии. ...Под предлогом сохранения личности государя и монархии граф Шувалов вмешивается во все дела, и по его наушничеству решаются все вопросы. Он окружил государя своими людьми; все новые назначения делаются по его указаниям».

Констатируя, что всесильного временщика «в публике... называли даже вице-императором», А.А. Половцов в январе 1867 г. дает такую оценку ситуации: «Полновластие Шувалова безгранично. Его называют не Петром Андреевичем, а Алексеем Андреевичем (Аракчеевым)». Сходство с последним бросалось в глаза многим, и по отзывам лиц, близко знавших начальника Третьего отделения, «в нем под лоском навыка светского, под блеском мишуры салонной много свойств аракчеевских: бездушие, жестокость, алчная жажда к власти неограниченной, бесконтрольной...» Стоит добавить, что большой популярностью в обществе пользовалась эпиграмма Ф.И. Тютчева на Шувалова: