Создание Казачьего приказа способствовало улучшению внутриполитической обстановки в России. Например, в 1613 г. в Путивле был создан гарнизон из донских казаков. Осенью 1613 г. стрелецкий голова Б. Чулков, действовавший против украинских казаков в Заонежье, принял на службу отряд «охочих» казаков во главе с атаманом Т. Антипьепым. В 1613–1614 гг. дворянин М. Ошушкин «прибрал» под Смоленском отряд «охочих» казаков. Часть казаков была «испомещена» (размещена на жительство) на севере, на территории Белозерского и Вологодского уездов.

В 1615 г. отряд запорожцев на семидесяти парусно-гребных «чайках» совершил рейд к устью Дуная, где в ходе морского боя захватил более десяти турецких галер. В следующем году казаки гетмана П. К. Сагайдачного атаковали Очаков, потопив при этом 15 турецких судов. Тактика морского боя, применяемая запорожцами, сводилась к атаке из засад на мелководье или в условиях плохой видимости, что позволяло брать турецкие суда на абордаж, до того как противник успеет применить корабельную артиллерию. Также казаки вели разведку турецких сил в бассейне Черного моря.

Однако полностью привлечь казаков на свою сторону московскому правительству в тот период не удалось. Это было связано с тем, что «испомещение» небольшой части казаков не изменило взаимоотношений вольного казачества с правительством. В 1613–1615 гг. обширные территории к северу от Москвы являлись ареной военных действий между московскими войсками и множеством казацких отрядов. Главной причиной недовольства казаков было подтверждение царем боярских привилегий и дарование права боярам возвращать к себе прежних холопов, значительная часть которых во время Смуты пошла в казаки.

Еще большей угрозой для русского государства стало присоединение двадцатитысячного войска запорожцев Сагайдачного к походу польского королевича Владислава на Москву летом 1618 г. с целью занятия русского престола. Для привлечения казаков на свою сторону поляки согласились на расширение территории казачества, снятие ограничений на православное вероисповедование, увеличение численности казацкого войска и признание судебной и административной автономии. Запорожцы захватили Ливны, Путивль, Рыльск, Курск, Елец, Лебедин, Скопин, Ряжск, Ярославль, Переяславль, Романов, Каширу, Касимов, а в сентябре соединились с поляками и осадили Москву. И только неудачный штурм Москвы в условиях разгоравшейся в Европе Тридцатилетней войны вынудил поляков пойти на переговоры.

Для России это были вторые за два года переговоры, приведшие к большим территориальным потерям. По Столбовскому миру, заключенному в феврале 1617 г., Россия уступила Швеции Ивангород, Ям, Копорье, Орешек и Корелу и потеряла выход к Балтийскому морю. А после подписания Деулинского перемирия в декабре 1618 г. к Речи Посполитой отошли смоленские, черниговские и новгород-северские земли. Но королевич Владислав не отказался от претензий на московский престол. Срок перемирия истекал в июле 1632 г., после чего Россия была втянута в новую войну с хорошо подготовленным противником, и это притом, что после Смуты она ощущала острую нужду в квалифицированных военных кадрах.

Напомним, что московское правительство привлекало на службу выходцев из Европы еще со времен Ивана Грозного. Большинство из них перешли на сторону России в ходе Ливонской войны 1558–1583 гг. Наемники были в основном протестантского вероисповедования. Католиков брали на службу только в случае крайней необходимости и на столь жестких условиях, что большинство претендентов отсеивалось. Русский двор ревностно старался оградить своих подданных от возможного идеологического влияния папской «пятой колонны».