Первое, что сделал Федор Борисович, – отозвал из армии князя Мстиславского и братьев Шуйских, а им на смену послал князя М. П. Катырева-Ростовского и любимца отца – воеводу П. Ф. Басманова. Как оказалось впоследствии, это решение оказалось для него и его семьи роковым: 7 мая 1605 г. в московской армии, стоявшей под Кромами, произошел мятеж во главе с князьями И. В. и В. В. Голицыными и боярами П. Ф. Басмановым и М. Г. Салтыковым. Часть войска во главе с князьями И. М. Катыревым-Ростовским и А. А. Телятевским отказалась присягать Лжедмитрию и ушла к Москве.

Объединенное войско самозванца направилось от Путивля к Туле: этот марш был поистине триумфальным, «истинного царевича» стекались приветствовать толпы народу. Из-под Тулы Лжедмитрий отправил в Москву Г. Г. Пушкина и Н. М. Плещеева с призывом к горожанам свергнуть Годуновых и признать его права на престол. Посланцы Лжедмитрия прибыли в село Красное, где их уже ждали, а 1 июня 1605 г. грамота самозванца была зачитана на Красной площади. Согласно разрядным записям, при большом скоплении народа выступил также Б. Я. Бельский, подтвердивший законность «царского» происхождения Лжедмитрия. Его слова послужили сигналом к мятежу: московский люд, полтора месяца назад присягнувший Федору Борисовичу, захватил царя, его мать Марию Григорьевну и сестру, царевну Ксению; все они были помещены под арест. Затем начались грабежи у родни и сторонников Годуновых. Могилу царя Бориса в Архангельском соборе вскрыли, и его останки перезахоронили на том участке кладбища Варсонофьевского монастыря, где предавали земле бездомных и убогих.

Присяга новому царю была принесена, и московские вельможи заспешили в Тулу, чтобы передать самозванцу государственную печать, ключи от кремлевской казны, царские одежды и парадные доспехи. В Москве, однако, оставались царская семья и первый русский патриарх Иов, представлявшие серьезную угрозу не столько для Лжедмитрия, сколько для продажного московского боярства, – знать бы, как дело дальше повернется. Десятого июня участь страдальцев была решена. Сначала бояре Басманов, Голицын, Рубец-Мосальский, дворянин Молчанов и дьяк Шерефединов низложили и выслали из столицы патриарха, не признавшего самозванного царя. Затем с помощью трех стрельцов был совершен тягчайший для православного человека грех – цареубийство. Федор Борисович оказал сопротивление, поскольку «не по младости» дал Бог ему мужество. Клятвопреступники стали убийцами, что закономерно, причем убийцами трусливыми: народу объявили, что царь и царица приняли яд «от страстей». Всех родственников Годуновых, 74 семьи, отправили в ссылку. Московские бояре умели жестоко расправляться с политическими противниками.

Двадцатого июня 1605 г. Лжедмитрий торжественно въехал в столицу, а 21 июня в Успенском соборе венчался на царство. При этом иезуит-ксендз Черниковский приветствовал самозванца на латыни. Заметим, что 21 июля по юлианскому календарю – это (тогда) 31 июля по календарю григорианскому. То есть венчание Лжедмитрия на царство состоялось точно в день смерти Игнатия Лойолы! Что это? Случайное совпадение или соблюдение тщательно продуманного иезуитами ритуала?

На патриаршество самозванец велел избирать митрополита Рязанского и Муромского Игнатия, первым из архиереев поддержавшего его войска. «Иезуиты же, зная грека Игнатия, бывшего папежской ереси, а потом в Рязани архиепископом, которого, хотя прочие все архиереи не хотели, однако ж, опасаясь из того большей беды, по повелению его поставили на патриаршество».