В большинстве регионов остатки территориальной системы сохранились. На севере Украины партизанские отряды продолжали носить названия по наименованию районов даже после того, как их первоначальный личный состав был по большей части заменен. В большинстве регионов уцелевшие партийные функционеры и работники НКВД становились ядром для создания новых отрядов в набиравшем силу партизанском движении.

Эти люди играли важную роль в сохранении партизанами лояльности к коммунистической системе, а также могли способствовать восстановлению контроля партии над местным населением в районах действий партизан. Это происходило, например, в Черниговской области, где Алексей Федоров возглавлял территориальные партизанские отряды, ставшие ядром для создания крупной партизанской группировки. Какое-то время Федоров и его соратники, помимо выполнения своих функций партизанских командиров, осуществляли руководство партийным подпольем. Но партизаны не смогли остаться в области, где условия местности не позволяли долго уклоняться от столкновения с превосходящими силами. В начале 1943 года советское руководство также волновала проблема переброски большинства крупных партизанских отрядов Украины в район к западу от Днепра. Поэтому весной 1943 года, когда группировка Федорова была переброшена в западные области Украины, он смог сыграть заметную роль в восстановлении политического и военного господства советского режима в этом регионе, где до 1939 года не было советской власти, и потому весьма важно было утвердить там коммунистическое влияние.

Но во многих районах партийные работники не смогли возглавить партизанские отряды. В частности, в районах, где сильным было влияние Красной армии, территориальный партийный аппарат отказывался от руководства партизанскими операциями, а ограничивался политической пропагандой, стимуляцией боевого духа партизан и мерами дисциплинарного порядка. Его функции были аналогичны функциям, выполняемым территориальными партийными организациями по отношению к действовавшим в их районах частям Красной армии.

Территориальным партизанским отрядам в оккупированных южных регионах повезло меньше, чем отрядам северных регионов. Поскольку большая часть расположенной южнее территории представляет собой открытые степные пространства, система районных отрядов, действовавших в непосредственной близости от мест проживания партизан, вскоре доказала свою неэффективность. Отряду приходилось искать любое доступное убежище, даже если оно находилось за сотни километров от его района. Вместе с тем невыгодные условия местности, воспрепятствовавшие выполнению плана территориальной организации, помешали развитию массового партизанского движения. На открытых пространствах немцы быстро окружали отбившихся от своих частей солдат Красной армии, которые в северных регионах имели возможность скрываться в лесах и болотах, пока им не удавалось присоединиться к партизанам. Недовольных крестьян мало что побуждало покидать свои деревни, поскольку скрываться им было практически негде. В результате, несмотря на их небольшое количество, территориальные отряды сохраняли относительную важность для этого региона.

Даже в первые недели войны в украинских степях к западу от Днепра активности партизан почти не наблюдалось. Наступающие силы немцев встретили сопротивление нескольких отрядов в лесах и болотах вдоль рек. По всей видимости, это были отряды аналогичные Никопольскому отряду, но они были значительно меньше, и руководство ими осуществляли партийные работники, а не армейские офицеры. Имеются лишь обрывочные сведения о главном центре партизанских операций к западу от Днепра, в Черном лесу неподалеку от Черкасс. Этот лес, по всей видимости, являлся местом сбора партизан со значительной части территории Центральной Украины; отряд, вероятно, был уничтожен в начале 1942 года, и о его организационной структуре ничего не известно. Руководство мелкими отрядами, действовавшими к востоку от Днепра в небольших лесах Киевской и Полтавской областей, по всей видимости, осуществляли подпольные структуры партии и НКВД. К началу 1942 года эти отряды тоже исчезли, а их остатки, видимо, искали убежище в расположенных севернее густых лесах. К концу 1942 года небольшие группы партизан в лесах Харьковской области были уничтожены сформированными немцами отрядами вспомогательной украинской полиции. В Донбассе появлялись сменявшие друг друга небольшие отряды, но их, видимо, забрасывала Красная армия.