Партийные организации ряда крупных предприятий, таких, например, как отделения железных дорог, находившиеся в нескольких районах и соединявшие различные города, были обычно подчинены территориальной партийной организации не ниже областного уровня. В развитии партизанского движения такие партийные организации действовали аналогично партийным организациям городских предприятий, но под руководством областного, а не городского комитета партии.

На Украине секретари Центрального комитета Н.С. Хрущев, М.А. Бурмистенко и Д.С. Коротченко руководили приготовлениями, не прибегая к помощи специально создаваемого для этой цели аппарата. Какое-то время, как отмечалось выше, эта работа велась в Киеве, куда немцы вошли лишь в сентябре 1941 года. Здесь Хрущев и его помощники сформировали специальную организацию для руководства созданием партизанских отрядов в областях Украинской ССР. В каждой области, где должно было быть партизанское движение, эта задача возлагалась на секретаря областного комитета партии (обкома)[113]. Одновременно с этим другой партийный руководитель тайно назначался на пост «подпольного секретаря» и получал приказ остаться для партийной работы, в том числе и для организации партизанского движения, после прихода немцев[114]. Во многих случаях назначаемые на эту должность не являлись видными партийными руководителями, хотя примечательно, что однажды человеком, получившим такое назначение, стал первый секретарь обкома. Этим человеком был А. Федоров, работавший, как отмечалось выше, в Черниговской области. Федоров утверждает, что получил это назначение, «вытребовав» его у Хрущева; но его послужной список «кризисного менеджера» в партийной организации Украины свидетельствует, что для этого существовали и другие причины. Ряд свидетельств позволяет предположить, что такие люди, как Федоров, имевшие тесные контакты с НКВД в процессе решения определенных дисциплинарных проблем внутри партии, считались наиболее подходящими для работы по организации партизанского движения[115].

Ряд особенностей подпольных партийных организаций вызывал необходимость, чтобы их руководители могли работать в тесном контакте с НКВД. Одной из главных составных частей подполья была широкая сеть диверсионных групп. Эта сеть, которая должна была существовать на всей оккупированной территории, но особенно важной являлась в городах, создавалась территориальными отделениями НКВД обычно из своих информаторов и агентов. Непосредственный контроль осуществлялся работниками НКВД, оставляемыми для работы на оккупированной территории. По всей видимости, контакт с партийным подпольем поддерживался лишь на областном уровне. Сеть состояла из групп численностью от трех до семи человек (в том числе и женщин). Она создавалась в первую очередь для проведения диверсий и выполнения других задач по приказам советского руководства. Члены групп для маскировки тайной деятельности продолжали заниматься своим обычным делом. В целях конспирации каждому члену группы полагалось знать лишь ее командира, который, в свою очередь, знал лишь членов своей группы и единственного вышестоящего начальника.

Организационной связи между партизанским движением и сетью диверсионных отрядов не существовало, поскольку к последним предъявлялось особое требование избегать риска быть обнаруженными из-за контактов с открыто враждебными к немцам элементами, такими как партизаны. Но на практике многие члены диверсионных групп оказывались вынуждены прибегать к помощи партизанских отрядов и искать в них убежища.