Дело в том, что над головой Блюмкина стали собираться тучи. Начавшиеся осенью 1929 года кровавые столкновения между арабами и евреями в Палестине застали советское руководство врасплох. Агентура Блюмкина проинформировала о них только тогда, когда волнения приняли массовый характер. При этом присланный из Яффы отчет носил слишком общий характер. В результате в Палестину были направлены эмиссары Коминтерна, получившие задание информировать Москву о происходящих в Палестине событиях. Разумеется, в ОПТУ были недовольны тем, что основная информация о случившемся поступает в Кремль из Коминтерна, и авторитет Блюмкина как специалиста по Ближнему Востоку пошатнулся.

Впрочем, окончательную точку в судьбе Блюмкина поставили его контакты с Троцким. Карл Радек, которому Блюмкин передал письмо Троцкого, сообщил об этом Сталину. Развязка наступила мгновенно. 16 октября 1929 года Блюмкин был арестован, дал подробные показания о своих встречах с Троцким и Седовым и 3 ноября по постановлению Коллегии ОГПУ расстрелян «за измену Советской власти и пролетарской революции».

Расстрел Блюмкина не внес значительных изменений в планы руководства ИНО ОГПУ по организации разведывательной работы на Ближнем Востоке. Резидентом вместо Блюмкина был назначен Агабеков. Он должен был, прибыв в Константинополь, организовать работу по сбору информации в Палестине, Сирии, Египте и Хиджазе. Для этого ему предписывалось установить связь с находившимися в Палестине супругами Штивельман. Кроме того, он должен был встретиться с местными коммунистами, поддерживающими связь с берлинской резидентурой ИНО и присоединить их к своей агентурной сети. В Сирии Агабекову следовало установить контакт с работником Коминтерна Обейдуллой и использовать его для освещения политики сирийского правительства по отношению к Франции и Турции. Что касается Египта, то туда резидентом был направлен Моисей Маркович Аксельрод.

Агабеков прибыл в Константинополь 27 октября 1929 года на пароходе «Чичерин», имея в кармане паспорт на имя персидского купца Нерсеса Овсепяна. Через два дня он связался с легальным резидентом ИНО ОГПУ в Турции Наумом Эйтингоном, находившимся в Константинополе в качестве атташе советского полпредства Леонида Наумова, и с его помощью приступил к ликвидации агентурной сети, созданной Блюмкиным, так как подозревал, что ее состав известен Троцкому. Прежде всего, используя письма, написанные Блюмкиным, он отправил в СССР Великанову и Шина. А к началу января 1930 года в Москву были отозваны и находящиеся в Палестине Штивельман с женой.

Однако и на этот раз создать новую агентурную сеть в Палестине внешней разведке не удалось. Дело в том, что Агабеков, как и Блюмкин, встал на путь предательства: Влюбившись в молоденькую англичанку Изабел Стритер, у которой он брал уроки английского языка, он бросил свой пост и 19 июня 1930 года отправился вслед за ней во Францию. Там он выступил с разоблачениями, касающимися деятельности советской разведки на Ближнем Востоке, в результате чего большая часть сотрудников и агентов ИНО были отозваны в Москву, а оставшиеся прекратили всякую работу и «легли на дно».

Впрочем, через некоторое время советская внешняя разведка снова начала работу по организации агентурной сети в Палестине. При этом, как и раньше, чаще всего агенты направлялись в Палестину под видом выезжающих туда из Европы евреев. Их основной задачей было проникновение в сионистские организации с целью оказывать влияние на проводимую ими политику в отношении англичан. Примером такого проникновения можно назвать внедрение в 1939 году Израиля Беера в подпольную еврейскую армию «Хагана». Проводилась вербовка агентуры и непосредственно в Палестине. Так, в 1937 году Серебрянскому удалось завербовать агента в левоэкстремистской боевой сионистской организации «Штерн».