Выше уже приводились слова о. Сергия Булгакова о том, какой вред эта подчиненность власти нанесла духовенству в глазах крестьян во время выборов 1906 г. Но еще раньше (в 1901 г.) возник весьма острый конфликт с интеллигенцией в связи с отлучением от церкви Льва Толстого, одного из виднейших духовных наставников той эпохи. В этом деле Синод поступил как чисто политическое учреждение, нарушив даже общие церковные правила, согласно которым отлучению должно предшествовать «длительное и терпеливое увещевание» лично в Синоде, а само отлучение должно проходить по установленной процедуре в одном из соборов. В результате Толстому был направлен целый поток писем и телеграмм с выражением поддержки. На письме от киевских студентов стояло 1080 подписей. По тем временам очень много.

А когда Толстой в 1908 г. написал статью «Не могу молчать» – о казни через повешение 20 крестьян, именно церковь взяла на себя неприятную обязанность выступить с бранью. Иоанн Кронштадтский даже выступил с совсем уж ненужным посланием: «Господи, возьми с земли хульника твоего, злейшего и нераскаянного Льва Толстого». Зачем? Ведь смысл статьи был именно христианский, и в поддержку ее выступили такие люди, как А.Блок и И.Репин.

Сама Церковь остро переживала это положение, многие архиереи видели в нем истоки будущего кризиса и требовали реформ, направленных на освобождение церкви от государственной зависимости. В конце 1904 г. митрополит Петербургский Антоний (Вадковский) подал царю записку, в которой объяснял, почему церковь должна быть освобождена от несения «прямой государственной или политической миссии». Этим воспользовался С.Ю.Витте, собрав Особое совещание по церковным вопросам, которое подготовило еще более радикальную записку (главным автором ее был епископ Сергий Страгородский, ставший патриархом после Тихона). В ней было требование восстановления автономии и соборности церкви, освобождения ее от «мертвящего веяния сухого бюрократизма». Вся послепетровская система управления церковью объявлялась незаконной, приводящей церковь в состояние паралича. Именно на этой записке 1905 г. основывался в своей работе Собор 1917–1918 гг.

На идее разделения функций церкви и государства («кесарю кесарево») стояли либеральные священники-«обновленцы», влиятельные деятели церкви тяготели к социал-демократии, отвергали частную собственность. Внутренний кризис Церкви проявлялся во многих выступлениях, которые не согласовывались с общей линией и не приводили к обсуждению и разрешению явных противоречий. Епископ Сергий Страгородский благословил гапоновские союзы, епископ Антонин Грановский в петербургской газете назвал самодержавие сатанизмом. Но все это меркнет по сравнению с позицией старца Оптиной пустыни архимандрита Серапиона Машкина. Он пропагандировал социальную программу социал-демократов, но критиковал Маркса за мягкость и пассивность и потому приветствовал методы эсеров. Эффект от его проповедей был тем более велик, что он воспринимался как настоящий христианский подвижник – роздал все свое немалое состояние (200 тыс. рублей) бедным, отдавал нищим паломникам все, что имел, оставаясь без еды и в одном нижнем белье. И при этом утверждал, что в борьбе против монархии и капитализма допустимы все средства, вплоть до тайных убийств. Каково было верующим разобраться в этом кризисе?

Поэтому начиная с 1906 г. из епархий в Синод стал поступать поток донесений о массовом отходе рабочего люда от церкви. В 1906 г. один из сельских сходов направил в Государственную Думу свое решение закрыть местную церковь, так как «если бы был Бог, то он не допустил бы таких страданий, таких несправедливостей». В начале века обозначился и явный отход от официальной церкви интеллигенции. Тот поворот к религиозной философии, который происходил у части гуманитариев, во многом был связан предчувствием революционных потрясений и их неприятием. Этот пессимистический реакционный поворот основная масса интеллигенции, не говоря уж об обществе в целом, не приняла.