Николо-Бабаевский монастырь расположен на правом берегу реки Волги, при впадении в нее небольшой речки Солоницы, которая отделяет Костромской монастырский берег от границы Ярославской губернии. За обеими реками в этой смежной губернии монастырь владеет небольшими сенокосными лугами. Жители Ярославля издавна расположены к Николо-Бабаевскому монастырю и с особенным благоговением и верой чтут имеющуюся в нем святыню – чудотворную икону святителя Николая. По-видимому, выгодное положение обители, стоящей на полпути между двумя губернскими городами, Ярославлем и Костромой, и при одном из первых водных сообщений, должно намекать на материальное благосостояние ее, но на самом деле было не то: пришельцы с Кавказа застали этот общежительный монастырь всего с 60 рублями наличных денег, при двух тысячах рублей долгу, притом, пред самым вступлением в зиму, без всякого запаса хлеба и заготовки дров; хлебопашеством в монастыре вовсе не занимались. Благоустроению обители много помогло то обстоятельство, что еще до приезда преосвященного Игнатия бывший настоятель ее, игумен Парфений, по собственному желанию и просьбе был перемещен епархиальным начальством в Надеевскую пустынь той же Костромской епархии, и должность его была сразу занята игуменом Иустином: благочинным монастыря был назначен иеромонах Каллист, а иеромонах Феофан сделан вторым духовником. Чин богослужения, порядки келейного жительства, братская трапеза и жилища – все было поведено к улучшению. Заведено правильное хлебопашество на земле, принадлежащей к монастырю, около 80 десятин, частью болотной, частью наносно-песчаной, для чего была произведена разбивка полей, прорыты канавы для осушки болот, и чрез них болотная вода спущена в Волгу. Начата перестройка келий, назначенных для самого епископа, капитальное исправление корпуса братских келий и настоятельских. Корпус этот, с одной стороны обращенный к Волге, – двухэтажный, с другой, внутрь монастыря, – одноэтажный; его нашли нужным сшить поперечными железными полосами, так как он от сырости места и от неравномерной осадки значительно истрескался в этом направлении. Гостиница для приезжающих, расположенная у самой ограды монастыря, была вся переделана внутри и прилично меблирована.

В первый год по прибытии владыки Игнатия на Бабайки посетил его старинный друг М. Чихачов, и это свидание их было последнее в жизни. Обоими признано было, что последнему не надо покидать своего места жительства – Сергиевой пустыни, в которую он положил все свое состояние и пользовался в ней всеобщим уважением братства и теми удобствами, какие необходимы были для него в болезненной старости. В конце июня 1862 года приехал в Бабаевскую обитель на жительство родной брат владыки, П. А. Брянчанинов, испросив увольнение от службы с должности ставропольского гражданского губернатора, и поселился в монастыре на правах богомольца.

В мае 1862 года епископ Игнатий посетил преосвященных: Платона в Костроме, Нила в Ярославле и Иринея в Толгском монастыре, близ Ярославля; после этой поездки уже никуда не выезжал из монастыря, кроме прогулки в экипаже по окрестностям монастыря в хорошую погоду. В семь часов утра он пил чай, который признавал необходимостью как средство, согревающее кровь, и говаривал: «Вот что значит старость: не напившись чаю, и Богу неспособно помолиться». С 9 часов принимался за дела, или выходил к литургии, или осматривал производящиеся работы; принимал посетителей, по большей части крестьян больных, пользовавшихся от владыки медикаментами (гомеопатией). Таких больных стекалось очень много; один из келейников записывал имена их в книгу, лета и род болезни, а владыка отмечал, какое кому дать лекарство, число приемов и диету, если таковая оказывалась нужной. Лечение шло успешно, но чрез три года было прекращено по причине многолюдного стечения больных, нарушавших уединение святителя. В исходе 12-го часа дня владыка обедал. Стол его был прост, и кушал он очень умеренно. В 3-м часу кушал чай, к которому всегда призывал кого-либо из братии, и завершал угощение душеспасительною беседою. После вечерни, до 8 часов, принимал всех имевших к нему духовную нужду иноков и послушников, а также и посторонних посетителей. С 8 часов вечера владыка запирался в своих кельях; он спал обыкновенно не раздеваясь, на ночь надевал валеные сапоги, по причине болезни ног, издавна простуженных. Такова была обстановка келейной жизни преосвященного Игнатия на Бабайках.