Круг деятельности архимандрита Игнатия расширился еще назначением его 22 июня 1838 года благочинным всех монастырей С.-Петербургской епархии. Служение это он нес до самого выбытия его на епископскую кафедру. И на этом служении он приобрел общее доверие и уважение как настоятелей монастырей, так и монашествующей братии, соединяя для всех в лице своем и разумно-твердого представителя власти административной, и для искавших духовного совета – старца, опытного руководителя, всегда готового с любовью помочь ближнему советом духовным и словом духовного утешения.

Любовь к служению иночеству собственным примером и писаниями не сама собою возгорелась и пламенела в архимандрите Игнатии: он веровал в призвание свое свыше к этому служению и относился к нему, как к Божественному делу, стараясь усугублять данный ему талант; а потому такая любовь в нем торжествовала над всеми превратностями жизни. В нем витал дух живой веры в Промысл Божий, что ощутительно для всех знавших его и что видно ясно из его творений. Он признавал, что жизнь человека, всецело предающего себя водительству Провидения, располагается по некоему божественному плану, первообраз которого начертан в священных событиях избранного народа Божия. Смотря на иноческую жизнь, как на странствование по земной пустыне и приготовление ко входу в обетованную землю вечности, он учил, что надо соглядать эту вечность еще при настоящем земном существовании, чтобы обеспечить себе вступление в нее за пределами гроба. Это было не простое, поверхностное уподобление, а приобретенное духовной деятельностью сознание, разительные примеры чего он видел на себе самом; часто, когда естественный источник его благих желаний иссякал от зноя страстей и бурь житейских, он находил в себе новые ключи благодатных мыслей, внезапно истекавшие и обновлявшие изнемогшие силы; горечи жизни растворялись благодатной силою терпения и чрез это делались сладкими, приятными для духовного вкуса. Он имел особенный дар смотреть на все духовно; малейшие случаи, ничтожные, по-видимому, обстоятельства часто получали у него глубокий духовный смысл и всегда находили отголосок в нравственном учении, которым он руководился; они доставляли обильную пищу его уму и сердцу и нередко в дивной мелодии слова раздавались с его духовно-поэтической лиры. Таковы его произведения «Блажен муж», «Песнь под сению креста», «Молитва преследуемого человеками», «Плач инока» и многие другие. Из таких особенностей духовного призвания и настроения явствует, что высказываться письменно было духовной потребностью архимандрита Игнатия.

Тщась раскрыть сущность монашеского жительства, архимандрит Игнатий подвизался олицетворить в себе самом и живописью слова изобразил другим духовную красоту нравов древнего египетского монашества, которое было идеалом его жизни. Иночествование по учению и примерам св. отцов, преимущество египетских, было с детства заветной его мыслью. Руководимый этим учением, он питал беспримерную в наше время любовь к киновиальному иночеству, и эта любовь была вполне осмыслена: он смотрел на новоначалие иноческое, как на основание аскетической науки, где зарождаются и развиваются монашеские нравы, а вообще на монашество – как на науку из наук. В таком духе он наставлял всякого расположенного к вступлению в иночество и, силою собственного стремления к своим высоким идеалам, производил могущественное влияние на юные, не испорченные жизнью души. Он охотно принимал таких в духовное родство с собою и руководил опытным духоносным словом своим, которое столь было действительно, что обращало сердца, отрешало от многолетних навыков, ослабляло привычки, изменяло нравы многих. Способностью принимать исповедь помыслов, что составляет весьма редкое явление в наше время, архимандрит Игнатий обладал в совершенстве; многосторонняя опытность, глубокая проницательность, постоянное и точное самонаблюдение делали его искусным в целении душевных струпов, к которым он всегда прикасался самым тонким резцом духовного слова. Умея владеть собой во всяких случайностях жизни, не падая духом в самых стеснительных обстоятельствах, он сообщал ту же твердость и тем, которые исповедовали ему свои помыслы: угнетавшая печаль после исповеди у него казалась им пустым призраком. Правильное воззрение на страстную природу человека – плод многолетнего самонаблюдения, изложенное им в статье «Отношение христианина к страстям его»