В 1996 году была учреждена параллельная юрисдикция Константинопольского Патриархата в Эстонии. Православие в этой земле было насаждено русскими миссионерами и на протяжении всей истории являлось составной частью Русской Православной Церкви. С учреждением Московского Патриаршества оно находилось под канонической властью Патриархов Московских и всея России и всех северных стран (именно так, в соответствии с решением Константинопольского Собора 1593 года, именовались Предстоятели Русской Церкви вплоть до упразднения Патриаршества Петром I). Учреждение параллельной юрисдикции привело к расколу Православия в Эстонии, к временному прекращению канонического общения между Московским и Константинопольским Патриархатами и к нестроениям в области межправославных отношений, которые до сих пор в полной мере не урегулированы. Но несмотря на многие трудности, положение Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата также в целом удалось стабилизировать. Она сильна мудрой позицией своего руководства и верностью своих чад, которые убежденно желают оставаться в лоне Матери-Церкви. Переговоры с Константинопольским Патриархатом по этому вопросу будут продолжаться.

Со стороны отдельных иерархов Константинопольской Церкви также предпринимались шаги, которые воспринимались общественным мнением как оказание поддержки раскольническим группам на Украине, что входило в противоречие с официальной позицией Константинопольского Патриархата о признании Украинской Православной Церкви, возглавляемой Блаженнейшим митрополитом Владимиром, в качестве единственной канонической Церкви Украины.

Областью напряженных дискуссий с Константинопольским Патриархатом оставались и вопросы о понимании прав Поместных Церквей на осуществление попечения о своей пастве в так называемой церковной диаспоре.

Во всех подобных случаях действия Священноначалия Русской Православной Церкви направлялись к сохранению мира церковного, к терпеливому диалогу в духе христианской любви, к поддержанию братских отношений со всеми Поместными Православными Церквами. При этом, однако, наша Церковь никогда не поступалась основами канонического церковного строя и отстаивала нормы православной соборности, без соблюдения которых невозможно благостояние Святых Божиих Церквей и сохранение богоустановленного порядка в межцерковных взаимоотношениях.

Как и в прежние периоды истории, за время Первосвятительства Святейшего Патриарха Алексия свидетельство нашей Церкви не было закрыто и для внешних. Христианин призван, твердо храня и ясно возвещая свою веру, быть по возможности в мире со всеми людьми (Рим. 12, 18). Именно в таком духе Русская Церковь строила свои взаимоотношения с инославным миром, с представителями нехристианских религий, с международными организациями и с властями государств, лежащих вне нашей канонической территории и не принадлежащих к числу стран православной традиции.

Отношения нашей Церкви с инославными конфессиями за рассматриваемый период претерпели ряд серьезных испытаний. После политических преобразований конца 1980-х – начала 1990-х годов на открывшееся пространство бывшего Советского Союза хлынул поток миссионеров. Они попытались обратить в свою веру массы людей, которые, как они считали, поголовно являлись атеистами, давно утратившими духовные корни. Вместо поддержки, которую мы чувствовали со стороны ряда инославных объединений в годы притеснений безбожной властью, Церковь наша столкнулась со стремлением потеснить ее, лишив возможности восстановить свое духовное влияние на народ. В большинстве своем активным прозелитизмом занимались проповедники из всевозможных протестантских деноминаций, но мы с горечью увидели в рядах новоявленных «просветителей Руси» и представителей католического духовенства и монашеских орденов.