Как заметил К.Г. Юнг в своей работе «Фрейд и Юнг: разница во взглядах» (1929), именно на этих общих положениях основываются все многочисленные расхождения, имеющие место между классическим психоанализом и аналитической психологией. Расхождения, касающиеся как «генетического» (вместо чисто сексуального) понимания либидо и неприятия полиморфно-перверсной характеристики ребенка, взятой из психологии неврозов и спроецированной обратно в психологию младенца, так и разделения бессознательного на индивидуальное и коллективное, различий между Я и Самостью, а также противопоставления конструктивного (синтетического) метода исследования каузально-редуктивному (аналитическому) толкованию психических процессов.

Если З. Фрейд апеллировал к бессознательному психическому, то К.Г. Юнг различал индивидуальное (личное) бессознательное, содержащее чувственные комплексы, и коллективное (сверхличное) бессознательное, представляющее собой глубинную часть психики, не являющуюся индивидуальным приобретением человека, и обязанное своим существованием «исключительно унаследованию», проявляющемуся в форме архетипов, выступающих в качестве «модели и образца инстинктивного поведения».

Если основатель психоанализа выделил в структуре личности Оно, Я и Сверх-Я, то К.Г. Юнг вычленил в психике человека такие составляющие как Тень, Персона, Анима, Анимус, Божественный Ребенок, Дева (Кора), Старый Мудрец (Филемон), Самость и ряд других фигур.

Если в классическом психоанализе определяющую роль в развитии личности играл отцовский комплекс, то в аналитической психологии – комплекс матери, вбирающий в себя образ Великой Матери.

Если З. Фрейд предпринимал каузальное (причинное) толкование сновидений, то, подобно основателю индивидуальной психологии, австрийскому психологу и психотерапевту А. Адлеру (1870–1937), К.Г. Юнг ориентировался на финальный (целеполагающий) способ рассмотрения сновидений, считая, что «все психологическое требует двойного способа рассмотрения, а именно каузального и финального» (в этом отношении аналитическая психология представляла своеобразный синтез некоторых идей классического психоанализа и индивидуальной психологии).

Если З. Фрейд полагал, что сновидение имеет редуцирующую, биологическую компенсаторную функцию, то К.Г. Юнг признавал наряду с этой функцией также проспективную функцию сновидения, способствующую появлению в бессознательном некоего плана, символическое содержание которого является проектом для решения внутрипсихических конфликтов.

Если основатель психоанализа подчеркивал исключительно важную роль бессознательного в жизнедеятельности человека, то основатель аналитической психологии исходил из того, что «значение бессознательного примерно эквивалентно значению сознания» и одно является дополнением другого, поскольку сознание и бессознательное связаны друг с другом узами взаимного компенсирования.

Если в представлении З. Фрейда в психике нет ничего случайного, и во внутреннем, как и во внешнем мире все обусловлено причинной связью, то в понимании К.Г. Юнга психическое и физическое являются разными аспектами единой реальности, где, помимо каузальной связи, действенным оказывается и акаузальный связующий принцип или синхронистичность, свидетельствующая о параллельности времени и смысла между различными событиями, имеющими место в жизни индивида, других людей и в мире в целом.

Если для З. Фрейда центр личности – это Я (сознание), а психоаналитической максимой являлось положение «Там, где было Оно, должно стать Я», то для К.Г. Юнга центральное положение в личности занимает Самость, заключающая в себе сознание и бессознательное, объединяющая благодаря «трансцендентной функции» (совмещения содержимого сознания с содержанием бессознательного) сознательные и бессознательные представления в некое единство или «душевную целостность», что предполагает осуществление индивидуации, то есть процесса, порождающего психологического индивида, того процесса, символом которого может служить мандала (изображение круга в квадрате и квадрата в круге или четвертичность и круг, олицетворяющие собой целостность психики, полноту и совершенство личности).