В результате кругосветного путешествия Юкио Мисима, по его собственным словам, заново открыл для себя солнечный свет, телесность и ощущения, что оказало огромное влияние на его дальнейшую литературную деятельность. Вернувшись в Японию, он, от рождения худой, болезненный и слабый, начиная примерно с 1955 года, принялся за радикальную перестройку собственного тела, всерьез занявшись бодибилдингом. В то же время стиль писателя стал меняться под влиянием японской классической литературы. Это нашло своё выражение в написанном им в 1956 году, под влиянием эстетики Мори Огая и Томаса Манна, романе «Золотой храм» о сожжении молодым монахом храма Кинкакудзи. «Золотой храм» стал одной из творческих вершин молодого писателя и самым популярным в мире произведением не только Юкио Мисимы, но и японской литературы вообще.
После выхода в свет «Золотого храма» читательская аудитория восторженно воспринимала каждое новое сочинение Мисимы. Сначала написанный на фоне идиллического пейзажа острова Камисима (префектура Миэ), по мотивам известной античной пастушеской идиллии (считающейся первым в истории пасторальным романом) греко-римского сочинителя Лонга о Дафнисе и Хлое, роман «Шум прибоя» (1954), а затем – романы «Долгая весна» (1956) и «Пошатнувшаяся добродетель» (1957) стали бестселлерами. Многие из его произведений были экранизированы. Мисима превратился в одну из виднейших фигур японского литературного мира. В это же время, Мисима обратился к драматургии и написал сборник пьес для театра «Но», а затем, примкнув к театру «Бунгакудза», успешно дебютировал в качестве актера.
В 1959 году вышел в свет его роман «Дом Кёко», на создание которого ушло около двух лет и который, по замыслу автора, был своеобразной антитезой «Золотому храму»: если «Золотой храм» представлял собой глубокий анализ внутреннего мира отдельного человека, то в «Доме Кёко» центральное место заняло отображение современной эпохи в целом. Мнения литературных критиков разделились: Такэо Окуно назвал роман шедевром, в то время как Кэн Хирано и Дзюн Это единодушно оценили «Дом Кёко» как полный провал. Реакцию читательской аудитории, склонявшейся, в целом, к мнению Хирано и Это, также нельзя было назвать положительной. В результате Юкио Мисима, дотоле избалованный успехом, впервые в своей литературной деятельности испытал действительно сильное разочарование, что сказалось на всей его дальнейшей карьере.
Тем не менее, последовавший за публикацией «Дома Кёко» период оказался весьма плодотворным для не утратившего своей популярности Мисимы. В эти годы он написал романы и повести «После банкета» (1960), «Красивая звезда»(1962), «Шёлк и проницательность» (1964) и новеллу «Сэмбэй (вид японского рисового крекера – В.А.) за десять тысяч иен» (1960)».
За «Сэмбеем за десять тысяч иен» последовали новеллы «Патриотизм» (1961), «Меч» (1963), пьесы «Розы и пираты» (1958), «Тропические деревья» (1960), «Кото (японская цитра – В.А.), приносящее радость» (1963) и другие сочинения.
В личной жизни Юкио Мисимы также произошли немаловажные изменения. В 1958 году он женился на Ёко Сугияме, дочери известного мастера классической японской живописи Ясуси Сугиямы. Вместе с молодой женой Мисима поселился в новом особняке, построенном в викторианском стиле (проектирование и строительство особняка было осуществлено известной японской строительной компанией «Симидзу кэнсэцу»). Однако вслед за долгожданным завершением строительных работ начался период разного рода неприятностей и неурядиц. В их числе были скандал и судебный процесс, затеянный дипломатом Хатиро Аритой, обвинившим Мисиму в 1961 году в том, что писатель в своем произведении «После банкета» нарушил право Ариты на неприкосновенность частной жизни (процесс был прекращён лишь со смертью Ариты в 1965 году). Кроме того, в том же 1961 году Мисима начал получать послания, содержащие угрозы физической расправы, от правых радикалов. Недовольство японских правых Юкио Мисимой было вызвано широко известной поддержкой, оказанной Мисимой молодому писателю Ситиро Фукадзаве, включившему в свой роман «Необыкновенный сон» шокирующую, антипатриотическую и кощунственную, с точки зрения приверженцев традиционных японских ценностей и представлений, воображаемую сцену. Убийство коммунистами наследного принца Акихито и принцессы Митико (будущих Императора и Императрицы Страны Восходящего Солнца), приводящее в восторг японцев. Это оскорбило японских патриотов-традиционалистов и побудило их к совершению террористического акта, получившего в прессе известность как «Скандал с Накадзимой» (по имени директора издательства «Тюокорон», выпустившего кощунственный по отношению к Императорской Семье и оскорбительный для японского народа роман; дом и семья Накадзимы подверглись нападению правых радикалов). В результате всех этих событий резиденция особняк Мисимы в течение нескольких месяцев находилась под охраной полиции. Младший брат писателя – дипломат Тиюки Хираока – впоследствии утверждал, что характер взглядов и поступков "зрелого" Мисимы изменился именно под воздействием шока и страха перед правыми экстремистами, впервые испытанного им в период «скандала с Накадзимой». Однако это объяснение, данное дипломатом «задним числом», скорее всего, было продиктовано соображениями пресловутой «политкорректности».