Царь Михаил Федорович был очень доволен этим договором и выслал стольника Василия Бутурлина для почетной встречи Шереметева в селе Кубинском, а также наградил его богатыми подарками и стал именовать Шереметева «ближним боярином». Еще несколько лет спустя, за которые влияние Шереметева на Михаила Романова все усиливалось, он стал «тайнейшим и начальнейшим боярином в царстве». В апреле 1642 года царь указал Шереметеву сидеть в Приказе Большой казны – одном из важнейших учреждений, которое всегда поручалось ближнему боярину. Кроме того, Шереметев, будучи начальником Аптекарского приказа, всегда наблюдал за лечением царя, здоровье которого в последние годы сильно пошатнулось. Также Шереметев, входя в курс нового для Руси лечебного дела, ежедневно совещался с придворными докторами и, полагая, что покупать лекарственные растения за границей – в Англии, Германии, Болгарии – невыгодно, добился того, что лечебные травы стали собирать местные травники и доставлять их в аптекарский приказ.

Общаясь по долгу службы со многими иностранцами, Шереметев стал задумываться о том, как можно привлечь их на государственную службу. Благодаря его ходатайству, немцам было разрешено отправлять богослужение по их вере и отведен в Москве земельный участок для постройки церкви.

Но даже высокое положение, почет, которым он был окружен, и даже некоторая опаска, с которой к нему относились другие бояре, не занимали Шереметева. Он, будучи уже весьма пожилым человеком, собирался принять монашество и делал большие пожертвования монастырям.

Но кончина царя Михаила Федоровича несколько отодвинула отход Шереметева от дел. Царь скончался практически на руках у своего ближайшего соратника, который, по обыкновению наблюдая за состоянием здоровья государя, сам приносил ему прописанные докторами лекарства и постоянно находился возле него.

На престол взошел Алексей Михайлович, но Шереметев на коронации не присутствовал – он и сам был уже довольно серьезно болен и отстранился от дел, ссылаясь на старость и недомогание. Вместо него на церемонии присутствовал один из его племянников – Василий Петрович, нижегородский воевода, который, как и его дядя, пользовался доверием Романовых.

К тому моменту из семерых детей Федора Шереметева в живых остались лишь две дочери – Евдокия и Анна. Анна приняла монашество под именем Александра, Евдокия же была замужем за Никитой Одоевским, и именно своим внукам сначала собирался Федор Шереметев оставить все свое имущество по завещанию, но затем изменил решение – трое его двоюродных племянников, которых он недолюбливал, начали бы ссоры, а Шереметеву хотелось предотвратить вражду между родственниками. А потому Евдокии и ее детям – Прасковье, Михаилу, Федору, Алексею и особенно любимому внуку Якову – он оставил лишь часть имущества. Еще часть отошла племянникам и крестнику, который был женат на одной из их дочерей, а остальное отошло царю Алексею Михайловичу.

Вскоре после того, как завещание было составлено, Федор Шереметев удалился в монастырь, где принял постриг под именем Феодосия. К тому моменту ему было уже за семьдесят, он лишился зрения, но, однако, не мог полностью устраниться от всяких дел и посвятить себя лишь молитве. Он покупал и раздавал книги духовного содержания, стремясь содействовать просвещению народа. В Кирилло-Белозерском монастыре он прожил лишь полгода, до своей смерти в феврале 1650 года.

При дворе остались три брата Шереметевых, племянники Федора. Их отец, Петр Никитич, давно уже умер – он был убит сторонникам Лжедмитрия II, когда отказался принести присягу новому самозванцу.