17 сентября около 5 часов утра командование КОР получило сообщение, что советские войска перешли границу и напали на пограничные заставы. «Не только с момента объявления всеобщей мобилизации, но и до конца войны руководство КОР не получило ни одной директивы или приказа, что нам делать – на случай войны с Германией либо войны на два фронта», – указывал в донесении Рюкеманн. Все это время Корпус погранстражи играл лишь роль резерва живой силы для формирования армейских соединений.

Тем не менее на запросы командиров генерал без колебаний отдал приказ об организации обороны и оказании сопротивления противнику, хотя он отлично понимал, что пограничная стража слишком слаба, чтобы сдержать натиск Красной Армии. Командующий рассчитывал дать хоть какое-то время для подготовки к боевым действиям с новым врагом частям Войска Польского, размещавшимся в Полесье. Однако связаться с генералом Клебэргом ему не удалось. Между тем в штаб оперативной группы «Полесье» весть о советском вторжении пришла от командира бригады КОР подполковника Ружицкого-Колодейчика. Генерал Клебэрг, также осознавая слабость и малочисленность пограничных частей, отдал приказ сопротивляться как можно дольше, а в случае неудачи отходить на запад. Из-за отсутствия связи между двумя довольно многочисленными польскими группировками – КОР, насчитывавшей почти 7000 человек, и группой «Полесье» – они действовали независимо друг от друга.

Польские пограничники, несмотря на подавляющее превосходство в силах частей Красной Армии, оказали им упорное сопротивление. Так, батальон «Людвиково» под командованием капитана Анджея Шумлиньского численностью в 700 бойцов и командиров, из которых 100 вообще не имели оружия, вел бой до 15 часов и своих позиций не сдал, пока не получил приказ на отступление к Лунинцу. Его потери составили 8 человек убитыми, 9 ранеными, 7 попавшими в плен. К Лунинцу, на соединение с бригадой «Полесье», лесами отходил и батальон «Клецк». Части КОР были оттеснены в южном направлении, но не потеряли боеспособности и сдаваться не собирались.

Генерал Клебэрг решил обороняться вверенными ему силами до конца, развернув их на север и используя многочисленные естественные преграды. В ночь с 17 на 18 сентября он отдал общий приказ об обороне Полесья на линии Кобрин – Пинск – Лунинец.

Весь день 18 сентября левое крыло дивизии «Кобрин» под командованием полковника Адама Эплера, заняв позиции по берегу канала и реки Мухавец и взорвав мост, билось за родной город с частями 2-й моторизованной дивизии генерала Бадера.

Вечером последовал фланговый удар 23-го стрелкового корпуса Акимова, наступавшего с запада на восток по обоим берегам Припяти. Под натиском советской пехоты, поддержанной танками, батальон КОР «Сенкевичи» начал отход на Лунинец, а батальон «Давид-Городок» – на Столин. Штаб КОР переместился в Столин. Исходя из изменившейся оперативной обстановки, генерал Рюкеманн назначил район сосредоточения частей погранстражи: территорию между реками Припять и Стырь, возле деревни Морочно. Генерал Клебэрг отдал приказ командующему Пинской флотилией командору Витольду Зайончковскому приготовить к подрыву суда, заминировать мосты в Городище, Мостах, Волынске, Пинске, переправы на Королевском канале, а также приступить к эвакуации экипажей, военного снаряжения, средств связи, запасов продовольствия и горючего. Штаб оперативной группы «Полесье» перебрался в деревню Любейшов. Дивизия полковника Эплера, потеряв убитыми 127 человек, в 22 часа оставила Кобрин и отступила на юг.