Первые десятилетия Дмитрий Никифорович занимал квартиру при Лесном институте, а в марте 1903 года ему предоставили в аренду с правом последующего выкупа участок земли под постройку жилого дома возле Серебряного пруда на Институтском проспекте. Здесь в 1904–1905 годах построили красивый особняк в стиле модерн. Вокруг своего дома Д.И. Кайгородов устроил великолепный сад.

Историк A.B. Кобак, отмечая, что особняк Кайгородова – интересный пример архитектуры петербургского модерна, называет этот дом «душой Лесного». «Именно здесь обитает „genius loci“ – дух этой местности», – отмечает он. В литературе особняк Кайгородова известен как «дом у Золотого пруда». Вода в пруду была чистая, прозрачная, родниковая, а в начале лета со стоящих рядом сосен на поверхность пруда падала желтая сосновая пыльца, которая золотилась в лучах солнца. Отсюда и пошло название пруда – Золотой. До нашего времени пруд не сохранился – его засыпали…

Автором проекта фасадов особняка стал военный инженер Петр Петрович Маресев – зять Кайгородова, муж его дочери Тамары. Маресев служил в Николаевской инженерной академии на кафедре инженерного искусства по классу фортификации, однако имел серьезную склонность к гражданскому строительству. Тамара Дмитриевна унаследовала отцовское увлечение природой и занималась иллюстрированием книг отца о цветах и бабочках.

Особняк Д.Н. Кайгородова на Институтском проспекте. Фото автора, март 2006 года

Надзором за строительством занимался сын старого товарища Дмитрия Никифоровича, художника Кареухина – Федор Кареухин, строивший рядом здание Коммерческого училища. Подрядчиком при сооружении особняка, по совету брата Дмитрия Никифоровича, Нестера Никифоровича, служившего комендантом Выборга, пригласили строителя Голла, хорошо зарекомендовавшего себя построенными виллами в Финляндии. Внутренней отделкой дома занимался сын Дмитрия Никифоровича – Анатолий, художник-пейзажист, к тому времени он закончил Центральное училище рисования барона Штиглица в Петербурге, стажировался в Мюнхене и в академии Р. Жульена в Париже. С 1900 года Анатолий участвовал в Весенних выставках в Академии художеств, позже – в выставках Общества русских акварелистов, «Товарищества независимых», «Товарищества художников» и т. д. Архип Иванович Куинджи не без гордости считал Анатолия Кайгородова своим учеником.

Почти полвека Д.И. Кайгородов ежедневно записывал состояние природы и публиковал свои заметки об этом в печати. Первый бюллетень Кайгородова опубликовали 17 марта 1871 года. «Этим днем было положено начало Ваших знаменитых фенологических наблюдений, – говорилось в обращении к Кайгородову по случаю его 75-летия в сентябре 1921 года. – Ими Вы увлекли потом сотни отзывчивых сердец и любознательных умов, создав целую армию наблюдателей, посылавших и посылающих Вам как главнокомандующему, как объединяющему центру со всех концов России донесения о местных явлениях в природе».

Имелась в виду созданная Кайгородовым огромная сеть корреспондентов, постоянно присылавших профессору свои заметки о состоянии природы. Так возникла первая сеть постоянных фенологических наблюдений в стране.

Среди корреспондентов Д.И. Кайгородова было много известных и неизвестных поэтов. Они часто присылали ему свои стихи, в которых звучала любовь к природе, а иногда и добрая сатира. К примеру, встречались там такие строчки:

А вот еще образец подобного шутливого стихосложения: