Относительно непродолжительный тюремный срок, тем не менее, серьезно изменил Кима. Выйдя на волю, будущий революционер сразу же подался в один из многочисленных партизанских отрядов. Ким пошел по пути многих молодых людей того времени, отчаянно желавших бороться против японских оккупантов. Он совершенно искренне собирался создать «добрый и справедливый мир без угнетения и эксплуатации». В итоге Ким Сон Чжу оказался в одном из созданных Компартией Китая партизанских отрядов.

Официальная северокорейская историография утверждает, что товарищ Ким сразу же возглавил им же созданную Корейскую Народно-Революционную Армию (КНРА), которая, хотя и контактировала с китайскими силами Сопротивления, все же была полностью самостоятельной. У российских историков иное мнение. Упомянутой КНРА тогда не существовало вовсе, а Ким Сон Чжу просто воевал в одном из партизанских отрядов китайских коммунистов. В целом же официальные биографы Ким Ир Сена не любят признавать тот факт, что будущий великий вождь воевал под руководством китайских коммунистов, вступил в Компартию Китая, а затем даже отправился в СССР. Эти «зарубежные связи» товарища Кима, как минимум, не освещаются.

Впрочем, даже если Ким Сон Чжу не сразу сформировал Корейскую Народно-Революционную Армию, он все равно быстро показал себя талантливым военным, был выдвинут на руководящие посты и в двадцать четыре года стал командиром одной из партизанских дивизий. Где-то в начале – середине 30-х годов Ким Сон Чжу принимает имя, под которым о нем впоследствии узнает весь мир, Ким Ир Сен.

В июне 1937 года отряд, возглавляемый Ким Ир Сеном, смог одержать важную победу, разгромив японский гарнизон небольшого городка Почхонбо. Партизанам удалось пересечь границу Кореи с Маньчжурией, которая тщательно охранялась японцами. Официальная историография КНДР считает «битву при Почхонбо» важнейшим событием японо-корейского конфликта, продемонстрировавшим силу КНРА и военный гений Ким Ир Сена. Это сражение в официальных учебниках истории описывают, наверное, так же, как в России разгром двадцати немецких дивизий под Сталинградом. В любом случае эта победа оказала значительное влияние на развитие конфликта, а имя Ким Ир Сена стало широко известно. Японцы занесли его в число «особо опасных бандитов-коммунистов». То есть можно признать, что Ким Ир Сен действительно воевал против японцев, в результате был выдвинут на руководящие посты и смог добиться успехов.

В конце 30-х годов он встретил свою первую жену, Ким Чжон Сук, которую теперь почитают в КНДР так же, как ее великого супруга. По воспоминаниям современников, девушка, происходившая из простой крестьянской семьи, была скромной, тихой и в то же время приветливой и жизнерадостной. Несмотря на последующий повторный брак, именно свою первую жены Ким Ир Сен любил больше всего и, похоже, так и не сумел ее забыть (Ким Чжон Сук умерла рано).

В это же время японцам надоели вылазки партизан, и они развернули военно-полицейскую кампанию, направленную на уничтожение противника. Силы были неравны, японцы постепенно выдавливали партизан с территории Маньчжурии. К концу 1940 года из шести главных партизанских командиров в живых оставался один – Ким Ир Сен. Японские войска в итоге загнали партизанские отряды в угол, вынуждая их уйти за границу. Партизаны несли колоссальные потери. Ким Ир Сен с группой бойцов из тринадцати человек перешел Амур и оказался на территории Советского Союза. Таких маньчжурских партизан, спасавшихся от японских карательных войск и вынужденных бежать в СССР, было в те годы очень много.